合集:零代码进行免疫微环境评

合集:零代码进行免疫微环境评

课程教材见:http://Report.sangerbox.com/Vod/est_ppt_data.zip

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合集:零代码复现WGCNA

合集:零代码复现WGCNA

最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样但是分数却相差近三倍,我们的目的就是零代码完美复现1、数据采用GEO公开数据集;2、老思路,通过sangerbox中的DEcenter来实现差异基因筛选,想必大家已经并不陌生;3、重头戏,sangerbox中的一键式WGCNA分析使用以及讲解老师的个人经验分享;4、结合临床信息筛选关键模块,通过万能的excel实现;5、hub基因筛选,以及预后相关性,在线网站统统搞定;6、最后就是外部数据验证。

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合集:TCGA数据无代码构建CeRNA网络

合集:TCGA数据无代码构建CeRNA网络

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本期视频通过TCGA数据库零代码构建ceRNA网络,找到有意义的mRNA、lncRNA或miRNA的关系。

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合集:零基础meta分析从入门到精通

合集:零基础meta分析从入门到精通

零基础,想“短平快”不做实验发SCI的同学;讲师郎中1987对于meta分析的专业程度是现在少有人可以相比的,他发的30多篇文章里90%都是Meta分析,足见他对Meta套路的熟谙。

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合集:SCI论文写作指导

合集:SCI论文写作指导

本系列课程原名:“scientific writing for publication”,弗雷赛斯润色主编AliA专门为中国科研者录制,AliA来自UK。 为了让学员更容易听懂,主编专门将语速降低,使用更简单的词语,跟着PPT,相信不会有过多障碍,所以,这也是非常好的听力教材。

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合集:GEO跨平台套路文章无代码复现

合集:GEO跨平台套路文章无代码复现

GEO是目前常用的数据库中收纳数据量最为全面的数据库之一,我们本次基于GEO数据开展一篇生信类型的文章,进行解读、复现、拓展三个方面的解析。

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基于公开数据进行免疫微环境评分系列四

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基于公开数据进行免疫微环境评分系列六

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基于公开数据进行免疫微环境评分系列五

基于公开数据进行免疫微环境评分系列五

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基于公开数据进行免疫微环境评分系列二

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基于公开数据进行免疫微环境评分系列之终篇

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基于公开数据进行免疫微环境评分系列之一

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基于公开数据进行免疫微环境评分系列一

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基于公开数据进行免疫微环境评分系列三

基于公开数据进行免疫微环境评分系列三

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零代码复现WGCNA之目标模块功能富集

零代码复现WGCNA之目标模块功能富集

上一节课讲解如果使用工具盒中一键式WGCNA软件并且找到共表达模块,那么接下来我们看下如何获取目标模块基因集,已经目标模块的具体有哪些功能。1、功能模块基因获取;2、在线富集分析操作步骤;3、富集结果两种可视化方法。

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零代码复现WGCNA之共表达模块

零代码复现WGCNA之共表达模块

上一节课已经成体系的讲解数据下载到处理完成完整过程,本节可开始讲解如何一键式WGCNA工具使用。1、WGCNA方法总结;2、一键式WGCNA操作说明;3、结果的解读以及参数的调试;4、目标模块分析。

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零代码复现WGCNA之数据预处理

零代码复现WGCNA之数据预处理

上一节课我们已经通篇解析待复现文章的整体思路,那么接下来开始我们正题数据预处理,1、GEO数据下载;2、数据选择已经多种标准化处理方法;3、缺失值补全;4、箱线图绘制;5、临床特征样本信息准备。那么下一节就是我们的重头戏,怎么使用一键式WGCNA已经模块筛选。

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