CeRNA网络构建—miRNA与lncRNA互作关系

CeRNA网络构建—miRNA与lncRNA互作关系

miRNA与mRNA互作关系已经确定,那么lncRNA和miRNA的关系对该如何确定以及miRNA-mRNA-lncRNA是如何构建成CeRNA网络,视频里一见分晓。

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CeRNA网络构建—miRNA与mRNA互作关系

CeRNA网络构建—miRNA与mRNA互作关系

数据已经处理号,差异基因也是筛选完毕,那现在开始我们的重头戏,怎么才能找到miRNA和mRNA关系可靠的互作关系网络?请看本集视频

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CeRNA网络构建—不同类型RNA数据的差异基因筛选

CeRNA网络构建—不同类型RNA数据的差异基因筛选

TCGA上面的RNA数据种类这么多,该如何进行差异分析以及差异分析方法该如何选择?敬请观看本期老师讲解。

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CeRNA网络构建—数据预处理

CeRNA网络构建—数据预处理

想要分析CeRNA嘛?首先,来看下数据是怎样从TCGA数据库中挑选,并通过SangerBox如何处理,敬请观看本期视频。。。

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数据挖掘系列之二之如何构建CeRNA网络

数据挖掘系列之二之如何构建CeRNA网络

数据挖掘系列之二的开场篇,本期主要讲解怎样使用TCGA数据构建CeRNA网络。本期视频详细介绍TCGA上面各种数据类型、特点、分析思路和SangerBox中的TCGA数据下载工具使用介绍。

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相关系数测试数据
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相关系数简易绘图工具测试数据

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相关系数简易绘图工具测试数据,具体步骤看https://www.shengxin.ren/question/1227

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TCGA临床信息解读

TCGA临床信息解读

TCGA详细的解读资料,包含了一百六十多种信息的中文解释

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GEO数据挖掘终篇之PPI互作网络分析

GEO数据挖掘终篇之PPI互作网络分析

GEO数据挖掘终章,文章中PPI网络复现及蛋白互作结果后续拓展讲解

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GEO数据挖掘之KEGG通路富集及可视化

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复现文章中的KEGG富集结果,通过Cytoscape软件作图

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GEO数据挖掘之功能富集

GEO数据挖掘之功能富集

DAVID和g:Profiler在线富集分析以及结果解读及图形展示,对于Cytoscape软件中的Enrichment插件使用方法

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GEO数据挖掘拓展篇之GSEA分析解读

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文章复现拓展篇,GESA结果解读以及注意事项以及简易GSEA工具使用方法操作

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GEO数据挖掘之差异基因整合

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对于多套GEO数据的差异基因整合,RobustRankAggreg小工具使用说明以及可视化结果的修饰

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GEO数据挖掘之绘制火山图及热图

GEO数据挖掘之绘制火山图及热图

对标准化后的数据进行差异分析及差异结果可视化,DEcenter、火山图绘制以及纯做聚类和TreeView的使用方法操作。

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GEO数据挖掘之标准化及箱线图绘图

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对下载好的数据进行标准化,标准化前后差异通过箱线图对比,介绍工具盒重的boxplot使用方法以及数据归一化工具对数据进行标准化方法。

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GEO数据挖掘之数据预处理

GEO数据挖掘之数据预处理

GEO原始数据处理的万能办法,其中包括matrix、soft、mini等数据,探针转换symbol的处理办法,以及工具盒中小工具“便捷ID转换器”的使用方法

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