合集:零代码复现WGCNA

合集:零代码复现WGCNA

最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样但是分数却相差近三倍,我们的目的就是零代码完美复现1、数据采用GEO公开数据集;2、老思路,通过sangerbox中的DEcenter来实现差异基因筛选,想必大家已经并不陌生;3、重头戏,sangerbox中的一键式WGCNA分析使用以及讲解老师的个人经验分享;4、结合临床信息筛选关键模块,通过万能的excel实现;5、hub基因筛选,以及预后相关性,在线网站统统搞定;6、最后就是外部数据验证。

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合集:TCGA数据无代码构建CeRNA网络

合集:TCGA数据无代码构建CeRNA网络

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本期视频通过TCGA数据库零代码构建ceRNA网络,找到有意义的mRNA、lncRNA或miRNA的关系。

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合集:零基础meta分析从入门到精通

合集:零基础meta分析从入门到精通

零基础,想“短平快”不做实验发SCI的同学;讲师郎中1987对于meta分析的专业程度是现在少有人可以相比的,他发的30多篇文章里90%都是Meta分析,足见他对Meta套路的熟谙。

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合集:SCI论文写作指导

合集:SCI论文写作指导

本系列课程原名:“scientific writing for publication”,弗雷赛斯润色主编AliA专门为中国科研者录制,AliA来自UK。 为了让学员更容易听懂,主编专门将语速降低,使用更简单的词语,跟着PPT,相信不会有过多障碍,所以,这也是非常好的听力教材。

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合集:GEO跨平台套路文章无代码复现

合集:GEO跨平台套路文章无代码复现

GEO是目前常用的数据库中收纳数据量最为全面的数据库之一,我们本次基于GEO数据开展一篇生信类型的文章,进行解读、复现、拓展三个方面的解析。

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零代码复现WGCNA之目标模块功能富集

零代码复现WGCNA之目标模块功能富集

上一节课讲解如果使用工具盒中一键式WGCNA软件并且找到共表达模块,那么接下来我们看下如何获取目标模块基因集,已经目标模块的具体有哪些功能。1、功能模块基因获取;2、在线富集分析操作步骤;3、富集结果两种可视化方法。

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零代码复现WGCNA之共表达模块

零代码复现WGCNA之共表达模块

上一节课已经成体系的讲解数据下载到处理完成完整过程,本节可开始讲解如何一键式WGCNA工具使用。1、WGCNA方法总结;2、一键式WGCNA操作说明;3、结果的解读以及参数的调试;4、目标模块分析。

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零代码复现WGCNA之数据预处理

零代码复现WGCNA之数据预处理

上一节课我们已经通篇解析待复现文章的整体思路,那么接下来开始我们正题数据预处理,1、GEO数据下载;2、数据选择已经多种标准化处理方法;3、缺失值补全;4、箱线图绘制;5、临床特征样本信息准备。那么下一节就是我们的重头戏,怎么使用一键式WGCNA已经模块筛选。

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零代码复现WGCNA之文章解析

零代码复现WGCNA之文章解析

零代码复现WGCNA开篇之文章解析,一字之差影响因子相差3倍,为何差别如此之大??答案见本节内容

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零代码复现WGCNA之关键基因验证

零代码复现WGCNA之关键基因验证

零代码复现WGCNA终章

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CeRNA网络构建—生存分析和MRE优化

CeRNA网络构建—生存分析和MRE优化

CeRNA网络构建终篇--网络已经构建、相关性分析方法优化,本期介绍另外一种方法通过生存分析优化,最终通过MRE算法确定关系对。

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CeRNA网络构建—相关性方式优化

CeRNA网络构建—相关性方式优化

mRNA-miRNA、miRNA-lncRNA网络分别构建完成,接下来如何构建mRNA-miRNA-lncRNA三元网络,并且得到如何美化所得网络呢?那么还看老师讲解。

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CeRNA网络构建—miRNA与lncRNA互作关系

CeRNA网络构建—miRNA与lncRNA互作关系

miRNA与mRNA互作关系已经确定,那么lncRNA和miRNA的关系对该如何确定以及miRNA-mRNA-lncRNA是如何构建成CeRNA网络,视频里一见分晓。

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CeRNA网络构建—miRNA与mRNA互作关系

CeRNA网络构建—miRNA与mRNA互作关系

数据已经处理号,差异基因也是筛选完毕,那现在开始我们的重头戏,怎么才能找到miRNA和mRNA关系可靠的互作关系网络?请看本集视频

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CeRNA网络构建—不同类型RNA数据的差异基因筛选

CeRNA网络构建—不同类型RNA数据的差异基因筛选

TCGA上面的RNA数据种类这么多,该如何进行差异分析以及差异分析方法该如何选择?敬请观看本期老师讲解。

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CeRNA网络构建—数据预处理

CeRNA网络构建—数据预处理

想要分析CeRNA嘛?首先,来看下数据是怎样从TCGA数据库中挑选,并通过SangerBox如何处理,敬请观看本期视频。。。

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