基于T细胞浸润特点的免疫学肿瘤分类

(一) 热性免疫肿瘤的特征 •肿瘤组织中有高密度T细胞和细胞毒性T细胞浸润;(高免疫评分) •检查点分子激活(Checkpoint activation),包括:PD-1(程序性细胞死亡蛋白-1);CTLA4(细胞毒性...

今天给大家介绍一篇19分来自Immunity的文章

Highlights Six identified immune subtypes span cancer tissue types and molecular subtypes Immune subtypes differ by somatic aberrations, microenvironment, and survival Multiple control modalities of molecular networks affect tumor-immune interactions Th

分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码

从KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation,entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-21 15:10
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节后第一篇--如何用生信去挖掘新型甲基化预后标记

节后第一篇推送,首先当然是祝大家节日快乐!! 传统意义上,过完初十五,这个年,才算彻底过完。在节日里我们肯定许下了各种美好心愿,节日过完,该向着我们的目标出发了! 拿一

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  • chris
  • 发布于 2019-03-21 12:53
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身边没有电脑,如何让下载文献变得更简单

PC端下载文献的神器有很多,不论是用小软件还是sci-hub都可以做到。 但如果恰好身边没有电脑,或者只有一台公共电脑不适合存放私人的文件,这时候咋办呢? 方法其实很简单 第一步,微

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  • chris
  • 发布于 2019-03-21 12:51
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肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全,TCGA再也不愁!

TCGA数据库的挖掘工具层出不穷,从数据下载到数据挖掘,这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全: http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储...

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  • 余繁荣
  • 发布于 2019-03-21 12:36
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  • 余繁荣
  • 发布于 2019-03-21 12:36
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基因表达与甲基化表达谱纯生信分析4分文章,你也可以

好久没有写稿子了,今天分享一篇纯生信文章,发表在scientific reports上,虽说很多人吐槽SR为水刊,个人认为其实人家发表的很多文章还是很值得学习的,比较喜欢直接一点,我们看图说话哈。...

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  • 余繁荣
  • 发布于 2019-03-21 12:26
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生信扯上免疫相关就是容易上五分啊

肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献,在肿瘤微环境中,免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的;基于ESTIMA...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-11 20:53
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这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

最近偶然看到一篇生信建模的文章,思路清奇,让人茅塞顿开。 从标题上来看 是一篇分析胰腺癌甲基化异常的 基因的预后signature,这个题材的文章 看个标题就差不多能猜出来干了什么事,但好奇...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-11 14:34
  • 阅读 ( 773 )

这样的三分文章在现在这种时候已经很难得了

今天介绍一篇三分多的文章,这篇文章简单到你难以想象,总结内容涉及到的技能主要在以下六个方面: 1、公共数据集,样本量25个 2、在线工具GEO2R进行差异分析 3、使用DAVID进行差异基因的GO...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-07 15:07
  • 阅读 ( 645 )

当在文献中看到一个GEO数据集却在GEO中没有权限下载的时候,应该想到ArrayExpress

今日看文献,发现了一套关于疼痛的数据集GSE69901,诚然在GEO中检索时是长这样的: 实在是对该数据集有点兴趣,所以在pubmed上搜索了一下这个数据集: 从文献上来看并不是同一个作者的,那么...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-07 13:59
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顶级院校生物/生物组学项目课题 2019实验室助理招募

II. [DL] 深度学习:新方法与新应用 关键词: 深度学习, 机器学习, CNN, GAN 学生群体: 有较好的编程能力和对深度学习有一定理解的同学。最好是接触过 TensorFlow 或者 PyTorch 的同学. 这...

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  • 马九九
  • 发布于 2019-03-07 12:19
  • 阅读 ( 215 )

使用sigclust来评估你的聚类是否显著

看到文献中(doi:10.1080/2162402X.2017.1392427)有人使用sigclust来评估聚类是否合理,于是乎研究了这个包。 sigclust主要针对生物信息学数据(高维低样本)产生的聚类结果进行评估,一个基本假...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-23 14:36
  • 阅读 ( 244 )

如果导师丢给你一个基因让你去研究,不妨试一下这两个五分的套路

很多研究都是集中在大样本的基因集中去筛选目标基因,这也是常规做数据挖掘的思路,但是做基础实验的常常关注某个基因,那么一个基因怎么做公共数据挖掘? 这里有两个秘籍分享给大家 1、横向...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-22 12:10
  • 阅读 ( 2141 )

解析一篇三分多的甲基化文章:全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物

该文发表与2018年9月,二区,3.4分 DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制,是基因表达的重要调节因子,可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。以前的研究表明,表观 遗传基因调控中的DNA 甲基...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-18 13:27
  • 阅读 ( 1465 )

分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板

效果图如: library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time,        delta=status        ,marker=test.score,        cause=1,weighting="marginal",        times=c(12,12*3,1...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-18 10:38
  • 阅读 ( 379 )

mongodb内存占用过高可行的限制办法

最近服务器卡的要死,后来发现是用来MongoDB在后台建索引,占了 一半的内存,MongoDB本身是一个极耗内存的数据库,你有多少内存他都能吃进去,谷歌之后寻到解决办法如下: 服务器系统是CentOS7...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-12-27 08:40
  • 阅读 ( 497 )

胶质瘤免疫治疗高分文章赏析

首先祝大家圣诞节快乐! 今天不废话直接看文章。 一篇来自发表于神经医学一线期刊《 Neurology》(IF=7.609)的文章。 (在本公众号输入   30171077   可下载该文章全文预览) 胶质瘤

博士博后:这是我见过“最掏心窝子”的人才招聘了

招聘广告大家见的多了,无非是以下这样格式化的要求: 然而,近日一则招聘广告却让人 “耳目一新” ,这是来自于电子科技大学(成 都 )邹权老师的博士后招聘,大家感受下: 欢迎您

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  • 调研图
  • 发布于 2018-12-20 12:40
  • 阅读 ( 2444 )