小白福音:TCGA突变瀑布图简易个性化绘制工具

突变相关分析的时候我们经常会选择瀑布图进行展示,瀑布图看起来十分的复杂高端,TCGA数据库中提供了近30种肿瘤的外显子测序数据,在这里我们开发了一个 个性化的工具 可以快速的展示指定基因在...

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  • 发布于 2天前
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最新5+套路:免疫基因对已成过去式,新的对子再次出发!细胞与细胞相互作用换个角度看肿瘤预后

说起了小编很感慨,在19年的时候我们推出了免疫基因对的思路,并且当时做了好些个大肿瘤,伴随着早先的文章见刊,后面被录成了套路视频,各种层出不穷的基因对如火山般的爆发,尽管这个套路我们...

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  • 发布于 2021-10-18 14:29
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动态列线图简易绘制工具

同样是构建多因素回归模型,往往我们另一个主要目的是为了对结局事件的发生风险进行预测,那么是否也可以将预测模型的结果,像森林图那样可视化地展示出来呢?列线图(Nomogram)是一种最佳的展示...

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  • 发布于 2021-10-17 18:04
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一步一步教你做热图,从简单到复杂

热图(heatmap)是分子生物学文章里(尤其是microarray, RNA-seq相关论文)经常出现的图片,热图可以: 1)直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化; 2)呈现多样本或多基因表达量的聚类关系...

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  • 发布于 2021-10-12 16:04
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简易一致性聚类分析软件(ConsensusClusterPlus)

一致性聚类是一种为确定数据集中可能的聚类的数量和成员提供定量证据的方法,例如作为微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用,在那里发现了新的疾病分子亚类。 一致性聚类方...

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  • 发布于 2021-10-09 17:31
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一键计算泛癌中基因表达与肿瘤干性指数的关系

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达,当然我们也可以分析 肿瘤细胞干性与基因表达的关系,我们从先前的研究中(Machine Learning Identif...

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  • 发布于 2021-10-07 12:06
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一键获取基因在不同肿瘤中不同临床分期的表达差异

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达,当然我们也可以分析 不同临床分期与基因表达的关系,比如T、N、M、Stage、性别和年龄。 在这里我们...

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  • 发布于 2021-10-07 11:17
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一键计算泛癌中基因表达与TMB、MSI、purity、ploidy、HRD、LOH、新抗原的关系

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达,当然我们也可以分析 基因组异质性与基因表达的关系,比如 TMB:肿瘤突变负荷,TMB与PD-1/PD-L1抑制...

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  • 发布于 2021-10-05 11:51
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如何做一个发表级的单基因在泛癌中基因组突变表达差异分析

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达,当然我们也可以分析 基因组变异与基因表达的关系 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析,...

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  • 发布于 2021-09-30 14:24
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一键式获取基因在泛癌中的突变特征(棒棒糖图)

本工具是单基因在肿瘤中突变的棒棒糖图的升级版,目前的所有分析中工具只能查看单个肿瘤的单个基因的突变棒棒糖图如下: 而本工具则提供了所有肿瘤中的突变信息 在 网页下方 有详细的数据描述...

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  • 发布于 2021-09-30 13:47
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基因集变异分析(GSVA)分析工具介绍

基因富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)需要预先有一个有生物学意义的基因集(如同一个通路中的基因),再将基因集内(具有相同意义/功能)的基因一并计算并归纳为单个富集分数。...

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  • 发布于 2021-09-30 11:49
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用lasso做预后模型的简易工具

Lasso是Least Absolute Shrinkage and Selection Operator的简称,是一种采用了L1正则化(L1-regularization)的线性回归方法,采用了L1正则会使得部分学习到的特征权值为0,从而达到稀疏化和特...

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  • 发布于 2021-09-16 20:15
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预后模型与预后和基因表达热图绘制

在做预后建模的文章中,经常需要 观察预后模型与模型中基因表达的关系,比如这篇文章(Development of an Immune-Related Prognostic Signature in Breast Cancer)中的Fig3,这篇文章(Identificat...

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  • 发布于 2021-09-16 14:26
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ROC简易分析工具使用

ROC分析主要针对 存在一组真实的连续型数值数据设定阈值的不同对响应变量(二分类)的影响(真阳性率、假阳性率),它常用于 模型的构建过程中对结果预测的性能的一个评估,我们主要分为两类...

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  • 发布于 2021-09-15 15:07
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多因素生存分析工具

生存分析是分析生存时间的统计学方法,其因变量需要用生存时间和结局状态两个变量来刻画,可以将终点事件是否发生以及发生终点事件所经历的时间相结合起来。生存分析的主要内容有生存时间的分布...

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  • 发布于 2021-09-08 21:28
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多组堆叠柱状图绘制工具

柱状图很常见,但漂亮的柱状图不常见,这里我们开发了一个 简易的柱状图绘制工具,支持几种比较炫酷的柱状图的绘制,输入界面很简单: 直接从Excel 复制过来就好了,输入数据之后,在页面下方...

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  • 发布于 2021-09-02 16:38
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矩阵相关性分析及可视化

在先前的工具中我们讲到了 单组或多组相关性散点图(https://shengxin.ren/article/1965),这次我们开发了 基于数据矩阵的 相互之间的相关性计算并可视化,支持多种可视化形式,输入界面如下:...

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  • 发布于 2021-09-02 16:14
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定制化多组柱状图绘制工具

本工具专门用于绘制各种状图和棒棒糖图,输入数据主要为富集结果的三列或者四列的表格固定的格式,第一列为Term,第二列为数值,这俩列是必选的 对应坐标系中X和Y轴,第三列为点的大小,是一列数...

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  • 发布于 2021-09-01 17:36
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富集分析圈图快速绘制工具

本工具专门用于绘制富集结果圈图,输入数据主要为富集结果的三列表格固定的格式,第一列为Term,第二列为p值(可以是-log10(pvalue)),第三列为基因,可以由各种富集分析的软件结果整理而来,...

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  • 发布于 2021-09-01 11:25
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如果做一个发表级的单基因在泛癌中的表达与免疫浸润的关系的相关性散点图

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达及与免疫的关系。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析,不用输入数据,鼠标点点点即可,...

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  • 发布于 2021-08-29 18:07
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