GEO里一个很神奇的bug

这个数据:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11139/miniml/GSE11139_family.xml.tgz 下载下来之后共10.5M,解压是失败的,提示压缩包损坏(反复确认已下载完整)

blusom 矩阵计算过程

模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks SUbstitution Matrix),用于计算氨基酸替换频率。YouTube上看到一个关于讲解blusom 矩阵计算过程的视频,给出了一个例子:seq1 B A B A seq2 A A A C seq3 A A C C...

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  • 发布于 2019-09-10 11:13
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我的生信生产系统/全自动分析系统开发过程- 3 生信分析pipeline的进化

接上两篇内容,本文主要讲述工作中NGS从科研进入医学临床领域,工作中接触到生信流程,以及最终在自动图形化开放式生信分析系统开发中生信workflow设计实现的过程。 1.手动命令行运行 2. 脚本连续运行 3.一个脚本 shell 文件运行整个分析流程 4. 自动扫描文件并运行脚本 5. 带报告的自动扫描并触发运行脚本

癌细胞的十大特征及对应方向的研究文献调研

这是一篇给自己看的文章,想把最近看的文章放到对应的分类里,所以会不定期的更新。感兴趣的可以关注一下,有愿意帮忙的也可以在下面留言,写清分类和文章DOI编号。

胃癌TCGA结合GEO数据建模(机器学习建立疾病诊断模型的方法)

生物信息建模大杂烩...

我的生信生产系统/全自动分析系统开发过程 - 2样本信息处理

我的生信生产系统/全自动分析系统开发过程 - 2样本信息处理

生信文献解读(3)乳腺癌组织病理学与蛋白基因组学相关分析

这篇文章分析揭示了整合形态学信息和分子数据,使人们对组织形态学调控和蛋白质这一过程有更深的理解,有助于对癌症生物学和预后预测产生新的见解。

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  • 发布于 2019-08-26 14:54
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生信文献解读(2)What? 传统识别基因预后标志物的方法存在鲁棒性差,可移植性差的问题得到解决了?

进一步将HiFreSP算法识别到的预后标志物与Lasso cox以及RSF(随机森林)预后模型识别到的标志物的预后能力进行比较,发现HiFreSP预后评估性能和鲁棒性最好。Li等人将HiFreSP算法思想的代码存放在GitHub上(https://github.com/chunquanlipathway/HiFreSP),以便感兴趣的研究员方便使用。

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  • 发布于 2019-08-26 13:34
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生信文献解读(1)多组学数据的生存分析识别胰腺癌中的预后标志物

文章通过对TCGA中的PDAC甲基化以及表达等数据进行分析,使用差异表达,生存分析,功能富集等生信方法,最终识别出了PDAC的预后标志物。

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  • 发布于 2019-08-26 13:15
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生信文献解读(1)多组学数据的生存分析识别胰腺癌中的预后标志物

文章通过对TCGA中的PDAC甲基化以及表达等数据进行分析,使用差异表达,生存分析,功能富集等生信方法,最终识别出了PDAC的预后标志物。

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  • 发布于 2019-08-26 12:22
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自动化/图形化/开放式生物信息分析系统开发 - 1简单需求分析及技术实现

我的生信生产系统/全自动分析系统开发过程- 1简单需求分析及技术实现 起因/背景 几张图片 实践问题一,图形化替代命令行脚本交互 实践问题二,解决迁移部署问题 实践问题三,解决环境搭建、软件安装问题 需求:分析流程(pipeline)能够快速部署迁移 技术实现:使用虚拟化技术: 最终软件架构设计如图: 自动运行结构如图(针对Illumina机型):

小编:无话可说-----我从未见过如此……细致之文章

最近小编读到一篇关于 m6A 修饰的文章,完全被震撼和折服了!!思路之清晰、手段之全面、机制之详尽,让小编甘愿奉上自己的膝盖 …… 毫不夸张的说够得上 Cell 级别(但是为什么没发 Cell

生信文章解析(第八篇)胃癌中m6A修饰的减少预示恶性表型以及Wnt/PI3K-Akt信号通路增强

文章结合CG的表达信息,采用功能富集生存分析等方法推断出m6A-损失介导致癌信号传导(例如Wnt和PI3K-Akt)可以优先促进GC进展,系统的阐明了m6A在GC中的临床病理学作用,研究了m6A对肿瘤功能抑制及其潜在分子机制。

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  • 发布于 2019-08-15 11:29
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生信文章解析(第七篇)非小细胞肺癌中免疫应答相关的突变特征以及驱动基因

研究非小细胞肺癌免疫应答相关的signature的文章,整合了113例经过ICB治疗的非小细胞肺癌样本的体细胞突变谱以及临床信息。研究的目的是刻画经ICB治疗的非小细胞肺癌患者的突变特征和预后。

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  • 发布于 2019-08-15 10:44
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生信文章解析(第六篇)揭示MuBC的分子结构

通过研究MuBC和IDC样本之间基因表达,拷贝数和突变水平的差异,揭示MuBC的分子结构,表明MUC2基因的DNA甲基化异常可能是MuBC胞外粘蛋白产生的原因。

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  • 发布于 2019-08-15 10:24
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生信文章解析(第五篇)IPM对HCC免疫微环境影响的综合分析

作者研究了不同人群和平台中TP53突变状态和RNA表达,并建立了基于免疫相关基因的免疫预后模型(IPM),这些基因在不具有TP53 突变和TP53突变型HCC样本之间差异表达。然后,作者综合分析了IPM对HCC免疫微环境的影响。

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  • 发布于 2019-07-30 17:47
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生信文章解析(第四篇)能不能找到与PTC分化相关的代谢基因,且进一步识别和PTC预后相关的代谢基因?

在上海复旦大学癌症研究中心头颈外科和肿瘤科的Ben Ma等研究员的研究中,他们试图去找到与PTC分化相关的代谢基因,且进一步识别和PTC预后相关的代谢基因

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  • 发布于 2019-07-30 17:12
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生信文章解析(第三篇)生物信息学分析膀胱癌不同亚型中免疫调节基因

通过仔细阅读文章小编了解到作者主要分析了五种来自癌症基因组图谱的膀胱癌(MIUC)的分子亚型的转录组图谱,使用CIBERSORT免疫细胞丰度测定工具进行分析,显示了MIUC亚型之间免疫细胞谱和丰度的显著差异。包括免疫刺激和抑制基因在内的67个基因的的表达模式显示出与亚型和DDR基因突变状态的显著关联。

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  • 发布于 2019-07-30 16:52
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生信文章解析(第二篇)使用深度学习的方法整合多组学数据预测肝癌预后

作者使用深度学习的方法整合多组学数据,对HCC样本群进行了预后分型,并且评估了模型的鲁棒性,及分型效能,对这个方法感兴趣或者也在研究预后的小伙伴可以仔细研读下这篇文献哦。

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  • 发布于 2019-07-30 10:55
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生信文章解析(第一篇)在乳腺癌中,MAPK通路的突变驱动扰动与肿瘤内免疫反应负相关?

基于免疫相关基因对乳腺癌样本重新划分具有不同免疫表型的病人,从多组学的角度刻画这些不同免疫表型病人的特征。

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  • 发布于 2019-07-30 10:21
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