生信扯上免疫相关就是容易上五分啊

肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献,在肿瘤微环境中,免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的;基于ESTIMA...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-11 20:53
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这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

最近偶然看到一篇生信建模的文章,思路清奇,让人茅塞顿开。 从标题上来看 是一篇分析胰腺癌甲基化异常的 基因的预后signature,这个题材的文章 看个标题就差不多能猜出来干了什么事,但好奇...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-11 14:34
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这样的三分文章在现在这种时候已经很难得了

今天介绍一篇三分多的文章,这篇文章简单到你难以想象,总结内容涉及到的技能主要在以下六个方面: 1、公共数据集,样本量25个 2、在线工具GEO2R进行差异分析 3、使用DAVID进行差异基因的GO...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-07 15:07
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当在文献中看到一个GEO数据集却在GEO中没有权限下载的时候,应该想到ArrayExpress

今日看文献,发现了一套关于疼痛的数据集GSE69901,诚然在GEO中检索时是长这样的: 实在是对该数据集有点兴趣,所以在pubmed上搜索了一下这个数据集: 从文献上来看并不是同一个作者的,那么...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-07 13:59
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顶级院校生物/生物组学项目课题 2019实验室助理招募

II. [DL] 深度学习:新方法与新应用 关键词: 深度学习, 机器学习, CNN, GAN 学生群体: 有较好的编程能力和对深度学习有一定理解的同学。最好是接触过 TensorFlow 或者 PyTorch 的同学. 这...

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  • 马九九
  • 发布于 2019-03-07 12:19
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使用sigclust来评估你的聚类是否显著

看到文献中(doi:10.1080/2162402X.2017.1392427)有人使用sigclust来评估聚类是否合理,于是乎研究了这个包。 sigclust主要针对生物信息学数据(高维低样本)产生的聚类结果进行评估,一个基本假...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-23 14:36
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如果导师丢给你一个基因让你去研究,不妨试一下这两个五分的套路

很多研究都是集中在大样本的基因集中去筛选目标基因,这也是常规做数据挖掘的思路,但是做基础实验的常常关注某个基因,那么一个基因怎么做公共数据挖掘? 这里有两个秘籍分享给大家 1、横向...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-22 12:10
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解析一篇三分多的甲基化文章:全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物

该文发表与2018年9月,二区,3.4分 DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制,是基因表达的重要调节因子,可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。以前的研究表明,表观 遗传基因调控中的DNA 甲基...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-18 13:27
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分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板

效果图如: library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time,        delta=status        ,marker=test.score,        cause=1,weighting="marginal",        times=c(12,12*3,1...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-18 10:38
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mongodb内存占用过高可行的限制办法

最近服务器卡的要死,后来发现是用来MongoDB在后台建索引,占了 一半的内存,MongoDB本身是一个极耗内存的数据库,你有多少内存他都能吃进去,谷歌之后寻到解决办法如下: 服务器系统是CentOS7...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-12-27 08:40
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胶质瘤免疫治疗高分文章赏析

首先祝大家圣诞节快乐! 今天不废话直接看文章。 一篇来自发表于神经医学一线期刊《 Neurology》(IF=7.609)的文章。 (在本公众号输入   30171077   可下载该文章全文预览) 胶质瘤

博士博后:这是我见过“最掏心窝子”的人才招聘了

招聘广告大家见的多了,无非是以下这样格式化的要求: 然而,近日一则招聘广告却让人 “耳目一新” ,这是来自于电子科技大学(成 都 )邹权老师的博士后招聘,大家感受下: 欢迎您

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  • 发布于 2018-12-20 12:40
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TCGA简易下载工具V16版升级详细教程

主要优化了三个方面: 一、miRNA数据合并时同时合并出两个矩阵,一个是counts的,一个是FPKM的 二、支持拷贝数变异的数据合并,可以用来直接跑GISTIC 三、优化了临床随访信息中疾病进展状态...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-12-11 14:01
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零代码系列之三教你如何进行功能富集

上一节课讲解如果使用工具盒中一键式WGCNA软件并且找到共表达模块,那么接下来我们看下如何获取目标模块基因集,已经目标模块的具体有哪些功能。1、功能模块基因获取;2、在线富集分析操作步骤;3、富集结果两种可视化方法。

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  • 发布于 2018-12-10 16:14
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零代码系列之三教你如何看懂WGCNA分析结果

上一节课已经成体系的讲解数据下载到处理完成完整过程,本节可开始讲解如何一键式WGCNA工具使用。1、WGCNA方法总结;2、一键式WGCNA操作说明;3、结果的解读以及参数的调试;4、目标模块分析。

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  • 发布于 2018-12-10 15:54
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零代码系列之三教你如何做WGCNA数据准备

上一节课我们已经通篇解析待复现文章的整体思路,那么接下来开始我们正题数据预处理,1、GEO数据下载;2、数据选择已经多种标准化处理方法;3、缺失值补全;4、箱线图绘制;5、临床特征样本信息准备。那么下一节就是我们的重头戏,怎么使用一键式WGCNA已经模块筛选。

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  • 发布于 2018-12-10 15:24
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零代码系列之三教你如何做WGCNA开篇复现文章解析

最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样但是分数却相差近三倍,我们的目的就是零代码完美复现1、数据采用GEO公开数据集;2、老思路,通过sangerbox中的DEcenter来实现差异基因筛选,想必大家已经并不陌生;3、重头戏,sangerbox中的一键式WGCNA分析使用以及讲解老师的个人经验分享;4、结合临床信息筛选关键模块,通过万能的excel实现;5、hub基因筛选,以及预后相关性,在线网站统统搞定;6、最后就是外部数据验证。

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  • 发布于 2018-12-10 14:56
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不畏浮云遮望眼,能发20分杂志的文章,牛逼在何处?

最近从合作医院那里收到这样一条信息。 尴尬不,这份清单涵盖了大家所熟知的主流水刊,哦不 sorry,是期刊。 物极必反的道理大家都懂,这一现象推广到所有的医院也只是时间问题。当所有

对方向扔了一个赤果果的生信分析SCI思路

很久没有写稿子了,今天给大家分享一篇纯生信的SCI,思路简单粗暴。文章2017年发表在Oncotarget上(虽然已经牺牲了),但是我们可以取其精华呀,只要还有值得我们学习的地方,我们就挖掘出来。

保藏微生物菌种方法

各种微生物由于遗传特性不同,因此适合采用的保藏方法也不一样。一种良好的有效保藏方法,首先应能保持原菌种的优良性状长期不变,同时还须考虑方法的通用性、操作的简便性和设备的普及性。下面介绍几种常用的菌种保藏方法: