GEO数据库及应用场景介绍

NCBI于2000年发起的基因表达汇编(GEO)计划。致力于建立一个基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。 GEO主要包含各种芯片数据,也有少部分测序数据,

人类lncRNA 简介

Part 1.目前研究相对比较透彻的lncRNA汇总 与癌症相关lncRNA lncRNA长度Cytoband癌症类型HOTAIR2158nt12q13.13乳腺癌MALAT1/a/NEAT27.5 kb11q13.1乳腺癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、宫颈癌、前...

MALAT-1简介

MALAT-1的发现2003年,Ji等从初期非小细胞肺癌患者的肿瘤细胞中筛选出数个差异表达基因,其中包括含一个与肺癌转移和预后相关的未知转录物,采用RACE法扩增到一个长约940nt的片段,经检索比对...

R包装不上怎么办?不用怕分分钟教你如何搞定

最近小编发现大家再用小工具时候总是有一些R包安装不上,今天小编交给大家一个方法。这个是很多免安装的R包提供给大家,欢迎大家使用

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  • 调研图
  • 发布于 2018-09-10 17:20
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社区会员开通步骤

想要成为生信分析达人么?想要了解社区视频的秘密么?

Meta分析全程教程

零基础,想“短平快”不做实验发SCI的同学;讲师郎中1987对于meta分析的专业程度是现在少有人可以相比的,他发的30多篇文章里90%都是Meta分析,足见他对Meta套路的熟谙。

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  • 王国胜
  • 发布于 2018-09-03 17:08
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主编亲授:SCI论文写作的几点重要规则

本系列课程原名:“scientific writing for publication”,弗雷赛斯润色主编AliA专门为中国科研者录制,AliA来自UK。 为了让学员更容易听懂,主编专门将语速降低,使用更简单的词语,跟着PPT,相信不会有过多障碍,所以,这也是非常好的听力教材。

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  • 王国胜
  • 发布于 2018-09-03 16:43
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〖生物技术〗单细胞测序方法大比拼

导读 在单细胞研究的大潮中,新的测序方法层出不穷。不过,很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队,在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一

根据芯片平台提供的基因组位置来提取基因

在做GEO数据挖掘的时候经常会遇到注释信息很老的芯片平台,或者有些芯片平台压根就没提供基因的注释信息,此时要使用这样的芯片着实不好办,我今天就遇到这样的一个芯片平台https://www.ncbi.nl...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-09-03 10:09
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一键式WGCNA,WGCNA的简易便捷分析软件

WGCNA加权基因共表达网络分析主要用来分析不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,WGCNA适用于复杂的数据模式,15个样品以上的数据,利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并与表型进行显著性关联分析,优势在于一是充分利用了信息,二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联,免去了多重假设检验校正的问题。

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  • 发布于 2018-09-03 09:05
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五分钟搞定一个芯片的重注释,让那些没有genesymbol的数据再次好用

我们做芯片数据分析的时候经常会遇到有些基因芯片根本没有geneSymbol,或者有些lncRNA芯片根本没有像样的名称,故此对我们后续的分析也造成了不少的麻烦,基于此 我们可以通过序列比对的方式将...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-30 21:44
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医学统计学-卡方检验

1. 卡方分布当自由度趋于无穷大时,图形趋于正态分布 # 产生服从卡方分布的观测数为1000的样本 df_n <- seq (1 , 5 ) chisq_data <- function (n ){  x <- seq (- 0.2 , 16 , length = 300 )  prob &lt

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  • 生信
  • 发布于 2018-08-30 08:58
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snpEff : 突变位点注释的又一利器

欢迎关注"生信修炼手册"! 之前的文章中介绍了annovar软件的使用,除了annovar以外,snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。这款软件基于java语言进行开发,安装过程相对简单,下载之后解压

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  • 生信
  • 发布于 2018-08-30 08:54
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一步一步教你做芯片重注释

这里以GPL570为例 首先我们需要下载GPL570的探针序列: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL570 找到官网链接: 点击进入官网,搜索探针序列:fasta 点击下载,即可得...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-28 15:51
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好用的在线GO富集分析工具

点击上方蓝字关注生信宝典,换个角度学生信。GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配,不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序,都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。

TCGA现有数据汇总

今天看到一篇帖子, 193种已发表植物基因组汇总,简简单单多余的东西一概没有。唤起了我很多最初的想法和感动,见贤思齐,把我整理过的东西也发一发。 截止 2018年GDC的最新一次更新后

193种已发表植物基因组植物

截止 2018 年 4 月,约有 193 种植物完成了基因组测序,详情查看下图:

要研究细胞系,基因?你可能会对这个网站爱不释手哦

细胞系是很多基础研究的同学主要的研究的对象,也是体外实验不可缺少的步骤,我们往往会想知道 某个基因在某个细胞系的表达情况 ,为啥呢? 因为如果该细胞有某种表型B比如增殖能力

奥拉帕利获批,中国卵巢癌30年来首个靶向新药来了!

文|菠萝 精华看点奥拉帕利在国内获批用于铂敏感复发性卵巢癌的维持治疗。是中国上市的第一个卵巢癌靶向新药。使用奥拉帕利做辅助治疗的患者无进展生存期延长了近2倍,疾病进展或死

多因素回归分析工具 使用教程

先上图,后补充

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-22 15:33
  • 阅读 ( 178 )