CeRNA终篇-生存分析优化CeRNA网络

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。作为本系列的最后一讲,给大家介绍工具盒中批量生存分析和MRE统计算法,对ceRNA网络进行最后优化。

CeRNA网络美化篇

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要通过相关性优化ceRNA网络,去除大量假阳性位点。

miRNA与lncRNA的关系网络构建

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要lncRNA与miRNA的关系对构建。

miRNA-mRNA网络构建

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要mRNA-miRNA的互作网络构建。

零代码对不同类型的RNA Seq数据进行差异分析

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要讲解TCGA中不同类型RNA-Seq数据差异分析方法。

数据挖掘CeRNA网络构建数据预处理

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要数据准备和预处理。

数据挖掘系列二开篇如何构建CeRNA

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本讲非常详细解读基本TCGA数据库为后续分析打下一个坚实基础。

CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性

CIRCOS图在有了染色体信息界定绘图区域后,就可以向里面添加离散数据如标记特定的区域或连续数据如展示修饰的丰度等。经过前面部分对CIRCOS基本安装,最简单绘图和调整各部分属性的熟悉后

WGCNA分析,简单全面的最新教程

本文应该是第二全的WGCNA分析教程,参考了最新的文档。第一全的还在路上,会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的 二代三代 转录组测序分析实战班上 ,欢迎 点击链接了 解更多。 WGCNA基

勤能补拙,过目不忘,提高m6A助力好记性?中科院王秀杰/杨运桂合作最新成果

CellRes | 王秀杰组联合杨运桂组揭示RNA m6A修饰影响长时记忆形成效率长时记忆的形成(long-term memory formation)是哺乳动物适应环境变化、智力发展所必需的,对于人类的社会活动尤其重要。大脑

Nature综述|整合组学分析护航健康,推动精准医学时代的到来!

 导读 Konrad J. Karczewski, and Michael P. Snyder 撰写的关于整合多组学在疾病研究中的应用一文《Integrative omics for health and disease》,于 2018年2月26日发表在 nature reviews genetics  (Nature系列综述, 2018

Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及

EXCEL是常用的查看表格的工具,提供了很好的数据筛选、绘图等功能,不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件,让你 5 分钟从小白变大神。但是EXCEL也

给新朋友的自我介绍

   这一篇真的不是广告。       在我与用户交流的过程中,很多用户朋友都搞不清楚,何为桑格助手?何为桑格box?两者有何区别?我为什么需要?我为什么又需要两个

TCGA简介

DNA pull down实验技术

DNA pull down-MS是体外研究DNA与蛋白互作的有力工具。该技术将生物素标记的DNA片段结合在链霉亲和素磁珠上,再与细胞核蛋白孵育,纯化出与DNA片段互作的蛋白,洗涤洗脱得到的蛋白产物,做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合;做质谱鉴定即可筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息(如具体某个或某些转录因子/组蛋白等)。

一键式WGCNA使用教程参数详解

一键式WGCNA总共需要输入两个文件,九个参数,界面如下: 1、表达谱文件:一个表头为样本,第一列为基因名称的表格矩阵 2、样本文件:一个第一列为样本,后面各列为定义的为样本表型的矩阵...

  • 0
  • 1
  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-17 08:44
  • 阅读 ( 517 )

两篇文章一字之差,影响因子差了三倍,他们都干了啥?(第二篇)

话不多说先上图: 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样,且看: Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-e...

  • 0
  • 0
  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-16 16:27
  • 阅读 ( 430 )

两篇文章一字之差,影响因子差了三倍,他们都干了啥?(第一篇)

话不多说先上图: 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样,且看:Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-exp...

  • 0
  • 0
  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-16 16:19
  • 阅读 ( 403 )

一篇典型的WGCNA文章解读

我们鉴定了两个模块和10个hub基因,这些基因与OSCC的肿瘤发生有关。 这两个模块提供的参考将促进对OSCC中肿瘤发生机制的理解。 此外,hub基因可以作为生物标志物和治疗靶标,用于未来OSCC的精确诊断和治疗。

服务器里删过SSL的后遗症,R不能正常的安装包了,错误:status was 'Peer certificate cannot be authenticated with given CA certificates

技术不小心删了openssl,然后没挽救回来,通过各种折腾终于能进系统了,各方便都感觉修复了,唯独这个R无法正常的使用install.packages和biocLite来安装依赖包,究其原因则是CA证书错误,status...

  • 0
  • 0
  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-11 11:18
  • 阅读 ( 111 )