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省时又省力,几百个基因做生存分析,挑选对样本的生存状态有显著影响的基因,然后用这些基因进行进一步的做生存分析,绘制ROC曲线。
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研究背景
昨天给小伙伴们分享了使用《cox回归分析了某个基因的表达情况对样本生存状况的影响》,并绘制km曲线。
很多人私信小编说,你推广的方法挺好的,但是有个问题:
“ 比如说我们通过差异基因或者WGCNA找到了几百个基因,如果用上述的方法一个一个的做cox分析,等我做完了,师弟师妹都换好几轮了。 ”
小编想了一下,确实很有道理,就和技术小哥哥商量,开发一个能批量做生存分析的工具,这样小伙伴可以对几百个基因做生存分析,挑选对样本的生存状态有显著影响的基因,然后用这些基因进行进一步的做生存分析,绘制ROC曲线,省时又省力。
快跟着小编一起学习一下这个工具
网址导航
http://sangerbox.com/Tool 点击“简易批量生存分析工具”
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使用方法
1.输入数据格式
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1.1__表达矩阵:行名为基因名称,列名为样本名称,如下图所示:
1.2__生存信息:共有三列,第一列为样本名称,要与表达矩阵的样本名数据一样,第二列为生存时间,第三列为生存状态,0代表存活,1代表死亡。样本信息和表达矩阵能自动匹配样本,无需手动整理样本。样本信息如下图所示:
2.设置参数
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3.结果目录
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具体指引详见:
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