简易批量生存分析工具!省时又省力!

省时又省力,几百个基因做生存分析,挑选对样本的生存状态有显著影响的基因,然后用这些基因进行进一步的做生存分析,绘制ROC曲线。

  省时又省力,几百个基因做生存分析,挑选对样本的生存状态有显著影响的基因,然后用这些基因进行进一步的做生存分析,绘制ROC曲线。




01

研究背景



昨天给小伙伴们分享了使用《cox回归分析了某个基因的表达情况对样本生存状况的影响》,并绘制km曲线。


很多人私信小编说,你推广的方法挺好的,但是有个问题:


“  比如说我们通过差异基因或者WGCNA找到了几百个基因,如果用上述的方法一个一个的做cox分析,等我做完了,师弟师妹都换好几轮了。  


小编想了一下,确实很有道理,就和技术小哥哥商量,开发一个能批量做生存分析的工具,这样小伙伴可以对几百个基因做生存分析,挑选对样本的生存状态有显著影响的基因,然后用这些基因进行进一步的做生存分析,绘制ROC曲线,省时又省力。


快跟着小编一起学习一下这个工具



网址导航

http://sangerbox.com/Tool     点击“简易批量生存分析工具




02


使用方法


1.输入数据格式

----------

1.1__表达矩阵:行名为基因名称,列名为样本名称,如下图所示:


attachments-2020-05-o61znbLI5ecc7acd50d46.png

1.2__生存信息:共有三列,第一列为样本名称,要与表达矩阵的样本名数据一样,第二列为生存时间,第三列为生存状态,0代表存活,1代表死亡。样本信息和表达矩阵能自动匹配样本,无需手动整理样本。样本信息如下图所示:


attachments-2020-05-OdQDfBMi5ecc7ad93f4cd.png

2.设置参数

----------


attachments-2020-05-TfOeAiBV5ecc7ae60e084.png


3.结果目录

----------


attachments-2020-05-WwfGCrOJ5ecc7af5cb4b4.png



具体指引详见:


attachments-2020-05-AC8uWiU95ecc7a1d7a96d.png

  • 发表于 2020-05-26 10:13
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  • 分类:软件工具

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