超详细!三种方法来绘制Venn图

“Venn图是我们科学研究中常用的图形之一,今天小编给小伙伴们介绍三种Venn图绘制工具,小伙伴根据自己的要求进行选择,如果小伙伴觉得对你有帮助,欢迎转发与收藏。”


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Venn图是我们科学研究中常用的图形之一,今天小编给小伙伴们介绍四种Venn图绘制工具,小伙伴根据自己的要求进行选择,如果小伙伴觉得对你有帮助,欢迎转发与收藏




01

数据准备


关注生信学霸》,后台回复“Venn图”获取测试数据,如下图所示:


attachments-2020-06-fSCQVG3m5ee71dd934b4e.png


拿着数据快跟着小编一起学习一下这个工具



02


使用方法


方法一:Sangbox云平台绘制

----------


1.1__输入参数,如下图所示


网址导航

http://sangerbox.com/Tool     点击“韦恩图快速绘制工具

attachments-2020-06-TI1v5jjy5ee71defa52aa.png


1.2__特别注意点


1. 如果是以文件的格式将数据导入到云平台,平台默认无法读取Excel中的数据,必须将Excel文件转为以制表位符分割的文本文件,否则小工具将无法运行。

2.将文件从本地上传到网站上应注意文件名只能用字母、数字或下划线命名不能有空格等特殊字符命名,否则将上传失败。


1.3__结果展示

attachments-2020-06-5VwZw6XS5ee71e146750b.png

1.4__优缺点


优点—中文图形化交互式分析界面,不需要编程,快速出图,支持多种主流期刊图形配色;

缺点—内置图形颜色库不是很丰富,可以使用Illustrator对颜色进行更改。


方法二:R语言

----------

1.1__绘图步骤

# 安装R包if (!requireNamespace("VennDiagram", quietly = TRUE))  install.packages("VennDiagram",repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")if (!requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE))  install.packages("ggplot2",repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")# 加载R包library(VennDiagram, quietly=TRUE)library(ggplot2, quietly=TRUE)# 读入数据exp = read.csv('./veen_map.txt',header = T,sep='\t',check.names = F)# 绘图venn<- venn.diagram(list(A=na.omit(exp$A),B=na.omit(exp$B),C=na.omit(exp$C),D=na.omit(exp$D)),            filename=NULL,fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),            col = "black",alpha = 0.4, cat.cex = 1.5,rotation.degree = 0)# 展示图形grid.draw(venn)# 保存图片ggplot2::ggsave(filename = './venn.pdf',plot = venn,width = 6,height = 6,device = cairo_pdf)

左右滑动查看更多


1.2__结果展示

attachments-2020-06-uX8wejz85ee71e27b40a1.png


1.3__优缺点


优点—能够随心所欲的修改图形的颜色和样式;

缺点—对于编程初学者,用R语言读入数据和进行数据变过程中会报错,函数参数看不懂需要很长时间,绘图效率低下,一旦遇到报错,不能快速的解决报错。




方法三:Venny2.0

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1.1__输入参数,结果展示


网址导航

https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/    


如下图所示:

attachments-2020-06-UwudraIX5ee71e5760ceb.png


1.2__优缺点


优点—不需要注册,能够显示每个部分交集的百分比

缺点—不支持四组以上数据venn图的绘制,需要手动的将每组数据粘贴到数据库,需要自动去表头,图形配色方案单一。


attachments-2020-06-0greJ4S75ee71d83b62e4.png


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  • 发表于 2020-06-15 15:10
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  • 分类:软件工具

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