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“Venn图是我们科学研究中常用的图形之一,今天小编给小伙伴们介绍四种Venn图绘制工具,小伙伴根据自己的要求进行选择,如果小伙伴觉得对你有帮助,欢迎转发与收藏。”
01
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数据准备
关注《生信学霸》,后台回复“Venn图”获取测试数据,如下图所示:
拿着数据快跟着小编一起学习一下这个工具
02
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使用方法
方法一:Sangbox云平台绘制
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1.1__输入参数,如下图所示
网址导航
http://sangerbox.com/Tool 点击“韦恩图快速绘制工具”
1.2__特别注意点
1. 如果是以文件的格式将数据导入到云平台,平台默认无法读取Excel中的数据,必须将Excel文件转为以制表位符分割的文本文件,否则小工具将无法运行。
2.将文件从本地上传到网站上应注意文件名只能用字母、数字或下划线命名不能有空格等特殊字符命名,否则将上传失败。
1.3__结果展示
1.4__优缺点
优点—中文图形化交互式分析界面,不需要编程,快速出图,支持多种主流期刊图形配色;
缺点—内置图形颜色库不是很丰富,可以使用Illustrator对颜色进行更改。
方法二:R语言
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1.1__绘图步骤
# 安装R包if (!requireNamespace("VennDiagram", quietly = TRUE)) install.packages("VennDiagram",repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")if (!requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)) install.packages("ggplot2",repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")# 加载R包library(VennDiagram, quietly=TRUE)library(ggplot2, quietly=TRUE)# 读入数据exp = read.csv('./veen_map.txt',header = T,sep='\t',check.names = F)# 绘图venn<- venn.diagram(list(A=na.omit(exp$A),B=na.omit(exp$B),C=na.omit(exp$C),D=na.omit(exp$D)), filename=NULL,fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"), col = "black",alpha = 0.4, cat.cex = 1.5,rotation.degree = 0)# 展示图形grid.draw(venn)# 保存图片ggplot2::ggsave(filename = './venn.pdf',plot = venn,width = 6,height = 6,device = cairo_pdf)
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1.2__结果展示
1.3__优缺点
优点—能够随心所欲的修改图形的颜色和样式;
缺点—对于编程初学者,用R语言读入数据和进行数据变过程中会报错,函数参数看不懂需要很长时间,绘图效率低下,一旦遇到报错,不能快速的解决报错。
方法三:Venny2.0
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1.1__输入参数,结果展示
网址导航
https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/
如下图所示:
1.2__优缺点
优点—不需要注册,能够显示每个部分交集的百分比
缺点—不支持四组以上数据venn图的绘制,需要手动的将每组数据粘贴到数据库,需要自动去表头,图形配色方案单一。
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