TCGA RNA测序ID转换一文就够
“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满”
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“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满”
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研究背景
前段时间，小编给小伙伴们系统的介绍了转录组分析过程中的常用数据格式，如count数据格式、RPKM与FPKM等数据格式以及数据格式之间相互转换的原理。今天小编将用示例进行演示，给小伙伴们解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满
快跟着小编一起学习一下工具
网址导航
http://sangerbox.com/Tool 点击“TCGA RNA-seq简易转换器”
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使用方法
功能一：不同数据类型之间的转换
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方法1
Count数转为FPKM
1.输入参数选择
2.输入之前与输入之后的文件对比
方法2
FPKM数转为TPM
1. 输入参数选择
2. 输入之前与输入之后的文件对比
功能二：不同数值变换，对表达矩阵中数据进行对数或指数变换，只适用于FPKM和TPM不适用于count数据。
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1. 输入参数选择
2. 输入之前与输入之后的文件对比
功能三：提取编码基因、提取lncRNA，能将表达矩阵中的ENSG ID和Symbol相互转化。
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方法1
将ENSG ID转化为Symbol，这里的symbol包括编码基因与非编码基因
1.输入参数选择
2.输入之前与输入之后的文件对比
方法2
将ENSG ID转化为指定的编码基因与非编码基因Symbol，如常见的Gene Symbol、lncRNA Symbol等
1.输入参数选择，以提取Gene Symbol
2. 输入之前与输入之后的文件
- 发表于 2020-06-15 15:17
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- 分类：软件工具
