TCGA RNA测序ID转换一文就够

“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题,话不多说直接看教程,干货满满”


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“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题,话不多说直接看教程,干货满满




01


研究背景


前段时间,小编给小伙伴们系统的介绍了转录组分析过程中的常用数据格式,如count数据格式、RPKM与FPKM等数据格式以及数据格式之间相互转换的原理。今天小编将用示例进行演示,给小伙伴们解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题,话不多说直接看教程,干货满满


快跟着小编一起学习一下工具



网址导航

http://sangerbox.com/Tool     点击“TCGA RNA-seq简易转换器





02


使用方法


功能一:不同数据类型之间的转换

----------

方法1

Count数转为FPKM

1.输入参数选择


attachments-2020-06-UNqUBU625ee71f59d7a3d.png

2.输入之前与输入之后的文件对比


attachments-2020-06-G9BAUL6V5ee71f68cfe5a.png

方法2

FPKM数转为TPM

1. 输入参数选择

 attachments-2020-06-LAYLTfeX5ee71fd6d85f6.png

2. 输入之前与输入之后的文件对比

 

attachments-2020-06-3cPBgMNv5ee71fe0ac6db.png


功能二:不同数值变换,对表达矩阵中数据进行对数或指数变换,只适用于FPKM和TPM不适用于count数据。

----------

1. 输入参数选择

 attachments-2020-06-waYhrNUI5ee71fee05fed.png



2. 输入之前与输入之后的文件对比

 attachments-2020-06-2tE768rZ5ee72011356b0.png




功能三:提取编码基因、提取lncRNA,能将表达矩阵中的ENSG ID和Symbol相互转化。

----------

方法1

将ENSG ID转化为Symbol,这里的symbol包括编码基因与非编码基因


1.输入参数选择

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2.输入之前与输入之后的文件对比

 

attachments-2020-06-hHqLcrxB5ee7202c47d4e.png

方法2

将ENSG ID转化为指定的编码基因与非编码基因Symbol,如常见的Gene Symbol、lncRNA Symbol等

1.输入参数选择,以提取Gene Symbol

 attachments-2020-06-vE9tV6JA5ee72039bc236.png


2. 输入之前与输入之后的文件


attachments-2020-06-UieOdGdx5ee72043c476c.pngattachments-2020-06-UY1DOrDB5ee7204ff0a4f.png

  • 发表于 2020-06-15 15:17
  • 阅读 ( 81 )
  • 分类:软件工具

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