简单易用的序列处理工具SeqHandler-v1.0.0介绍

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更新日志(请使用最新版):

1. 2017-09-11 v1.0.0:支持序列长度、ATCG统计、GC含量、反向互补、截取功能

2. 2017-09-12 v2.0.0:精简软件包大小(由原来的100多M到25M),主要是自己实现了读取fasta文件、求GC含量、反向互补等算法,减少了依赖


在实际工作工程中经常需要处理一些序列,需要的功能可能也是极其简单的,比如:查看长度、ATCG各个碱基的含量、GC含量等等。我的做法是把那个需要拷贝到ipython(一个Python的解释工具),然后再各种操作,操作到了发现这些东西都是重复性的,而且是很简单的,于是就萌生了做一个简单的序列处理工具的想法。

现在SeqHandler的功能有限,仅有:长度、ATCG含量统计、GC含量统计、反向互补、截取子序列功能,大家对功能提一些建议。

使用的方法也是很简单地:

  1. 第一步,打开序列文件(必须是fasta文件),支持一个文件里面含有多条序列
    attachments-2017-09-3HnGkCGZ59b602a8b05a
  2. 选中序列
    attachments-2017-09-B0v2pdrd59b602b7a87b
  3. 各种操作
    attachments-2017-09-dAwwqlCa59b602c74f9e
  • 发表于 2017-09-11 11:34
  • 阅读 ( 3270 )
  • 分类:软件工具

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