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简单易用的序列处理工具SeqHandler-v1.0.0介绍
更新日志(请使用最新版):
1. 2017-09-11 v1.0.0:支持序列长度、ATCG统计、GC含量、反向互补、截取功能
2. 2017-09-12 v2.0.0:精简软件包大小(由原来的100多M到25M),主要是自己实现了读取fasta文件、求GC含量、反向互补等算法,减少了依赖
在实际工作工程中经常需要处理一些序列,需要的功能可能也是极其简单的,比如:查看长度、ATCG各个碱基的含量、GC含量等等。我的做法是把那个需要拷贝到ipython(一个Python的解释工具),然后再各种操作,操作到了发现这些东西都是重复性的,而且是很简单的,于是就萌生了做一个简单的序列处理工具的想法。
现在SeqHandler的功能有限,仅有:长度、ATCG含量统计、GC含量统计、反向互补、截取子序列功能,大家对功能提一些建议。
使用的方法也是很简单地:
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