简单易用的序列处理工具SeqHandler-v1.0.0介绍

简单易用的序列处理工具SeqHandler-v1.0.0介绍

简单易用的序列处理工具SeqHandler-v1.0.0介绍

下载地址


更新日志(请使用最新版):

1. 2017-09-11 v1.0.0:支持序列长度、ATCG统计、GC含量、反向互补、截取功能

2. 2017-09-12 v2.0.0:精简软件包大小(由原来的100多M到25M),主要是自己实现了读取fasta文件、求GC含量、反向互补等算法,减少了依赖


在实际工作工程中经常需要处理一些序列,需要的功能可能也是极其简单的,比如:查看长度、ATCG各个碱基的含量、GC含量等等。我的做法是把那个需要拷贝到ipython(一个Python的解释工具),然后再各种操作,操作到了发现这些东西都是重复性的,而且是很简单的,于是就萌生了做一个简单的序列处理工具的想法。

现在SeqHandler的功能有限,仅有:长度、ATCG含量统计、GC含量统计、反向互补、截取子序列功能,大家对功能提一些建议。

使用的方法也是很简单地:

  1. 第一步,打开序列文件(必须是fasta文件),支持一个文件里面含有多条序列
    attachments-2017-09-3HnGkCGZ59b602a8b05a
  2. 选中序列
    attachments-2017-09-B0v2pdrd59b602b7a87b
  3. 各种操作
    attachments-2017-09-dAwwqlCa59b602c74f9e
  • 发表于 2017-09-11 11:34
  • 阅读 ( 2938 )
  • 分类:软件工具

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
不写代码的码农
deepxin

生物信息软件开发工程师

12 篇文章

作家榜 »

  1. 祝让飞 118 文章
  2. 柚子 91 文章
  3. 刘永鑫 64 文章
  4. admin 57 文章
  5. 生信分析流 55 文章
  6. SXR 44 文章
  7. 张海伦 31 文章
  8. 爽儿 25 文章