RNAseq FPKM\TPM\Count相互转换及lncRNA提取工具

对于RNA-seq数据集,如TCGA RNA-seq,我们经常需要做一些转换,比如Count转FPKM 或者Count转TPM,或者FPKM转TPM,同时我们还经常需要从RNAseq数据中提取lncRNA,在这里我们开发了一个简易的工具,...

对于RNA-seq数据集,如TCGA RNA-seq,我们经常需要做一些转换,比如Count转FPKM 或者Count转TPM,或者FPKM转TPM,同时我们还经常需要从RNAseq数据中提取lncRNA,在这里我们开发了一个简易的工具,用以进行数据转换,该工具共有八个功能。

1、FPKM转TPM

2、Count转TPM ***需要GFF3文件*需要Ensembl ID的表达谱

3、Count转FPKM ***需要GFF3文件*需要Ensembl ID的表达谱

4、提取lncRNA表达谱 ***需要Ensembl ID的表达谱

5、提取蛋白编码基因表达谱 ***需要Ensembl ID的表达谱

6、提取假基因表达谱 ***需要Ensembl ID的表达谱

7、GeneSymbol ID转Ensembl ID

8、Ensembl ID转GeneSymbol ID

以上八个功能,均需要提供一个 行为基因,列为样本的 表达谱 作为输入数据,界面如下:

attachments-2021-08-c5LzvVgt611dc4ac51fc3.png

点击 开始分析-》弹出框-》输入 任务名称-》点击确定

attachments-2021-08-ikNefs1X611dc4f0774e5.png

耐心等待 呈现运行完成

attachments-2021-08-Sux5wTDK611dc54b07066.png载入结果之后,页面下方 会呈现运行日志:

attachments-2021-08-jOoor7nh611dc581edf4e.png

右侧还有 写作指导

attachments-2021-08-oPvceddy611dc5d1acbbf.pngattachments-2021-08-zp6NkRq6611dc5fe17d07.png


  • 发表于 2021-08-19 10:47
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  • 分类:软件工具

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