基因集变异分析(GSVA)分析工具介绍

基因富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)需要预先有一个有生物学意义的基因集(如同一个通路中的基因),再将基因集内(具有相同意义/功能)的基因一并计算并归纳为单个富集分数。...

基因富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)需要预先有一个有生物学意义的基因集(如同一个通路中的基因),再将基因集内(具有相同意义/功能)的基因一并计算并归纳为单个富集分数。这个分析思路增加了可解释性,多用于评估基因集所在通路/功能的活性变化。

基因集变异分析 (Gene Set Variation Analysis,GSVA)是其中一个GSEA的算法。也可以一开始从基因表达量和多个通路信息出发,根据通路活性变化情况,对样本进行无监督分类。

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在这里我们开发了一个简易的GSVA计算工具,其中支持ssGSEA、GSVA、zscore三种方法,我们只需要准备好基因表达谱(基因越多越好)即可,输入界面如下:

attachments-2021-09-PQXzXW1S61551dd0490d0.png整体而言 准备好参数时候 点击 开始分析即可

attachments-2021-09-fWB9UJTt61551e750bf58.png等待任务完成后,在左侧点击载入结果 即可获得 对应的结果,如下:

运行日志:

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统计结果描述

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  • 发表于 2021-09-30 11:49
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  • 分类:软件工具

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