看教程不够直观,那就看视频吧! >>点击加载视频
热图(heatmap)是分子生物学文章里(尤其是microarray, RNA-seq相关论文)经常出现的图片,热图可以:
1)直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化;
2)呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。
今日份我们来介绍一下 怎样画一个漂亮的热图,热图一般分聚类树,四个方向的注释,和热图本身
下面我们逐步解析一下这个热图的画法:
首先我们准备一个数值矩阵:
获得最简单的热图如下:
其次我们修改图例:
接下来 我们可能需要对热图进行聚类分析:
我们看到热图变成了这个样子
可能我们需要隐藏行名称,操作如下:
此外 我们还可以对 行和列的聚类结果进行分割,如:
很明显我们看到了分割后的热图:
此时我们还不过瘾,还想将分割后的几类分别用颜色标注出来:
聚类热图如下:
当然我们可以从左侧对颜色进行修改:
此外 我们还可以对行或者列进行数值注释,比如利用柱状图展示每列样本的年龄,如下:
最终的热图如下:
我们还可以将这个注释调整到底部位置,并修改成 棒棒糖图展示:
最终的热图如下:
同样的 左侧和右侧注释 以此类推。
还有一个重要的功能,点击 树状图切换树的位置,这在有时候对样本进行重排列时特别有用。
还有一个重要的功能,突出显示特定的 名称,比如这里 指定七个文本如下:
最终显示的图片如下:
现在 我们来整体介绍一下这个软件:
如果觉得我的文章对您有用,请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作!