一步一步教你做热图,从简单到复杂

热图(heatmap)是分子生物学文章里(尤其是microarray, RNA-seq相关论文)经常出现的图片,热图可以: 1)直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化; 2)呈现多样本或多基因表达量的聚类关系...

热图(heatmap)是分子生物学文章里(尤其是microarray, RNA-seq相关论文)经常出现的图片,热图可以:

1)直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化;

2)呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。

今日份我们来介绍一下 怎样画一个漂亮的热图,热图一般分聚类树,四个方向的注释,和热图本身

attachments-2021-10-nizvqDzZ61652e07b5a13.png

下面我们逐步解析一下这个热图的画法:

首先我们准备一个数值矩阵:

attachments-2021-10-DXshQwL661652e76718a0.png

获得最简单的热图如下:

attachments-2021-10-iimaQuvt61652eba3d8eb.png其次我们修改图例:

attachments-2021-10-WrnalPfu61652ee066ace.png

接下来 我们可能需要对热图进行聚类分析:

attachments-2021-10-0mlWTNQS61652f3cddc3b.png我们看到热图变成了这个样子

attachments-2021-10-3G48E1rW61652f631127e.png可能我们需要隐藏行名称,操作如下:

attachments-2021-10-1qz5SvFK61652fb7d6ef9.png

attachments-2021-10-1aJf8zH161652fcdb4fd9.png

此外 我们还可以对 行和列的聚类结果进行分割,如:

attachments-2021-10-90JguA4r61653002ecee3.png很明显我们看到了分割后的热图:

attachments-2021-10-fUUczy4v6165303589481.png

此时我们还不过瘾,还想将分割后的几类分别用颜色标注出来:

attachments-2021-10-mEGUG13761653079a5427.png

聚类热图如下:

attachments-2021-10-0xAbXOP561653a869b97b.png

当然我们可以从左侧对颜色进行修改:

attachments-2021-10-9Dh0nSuk61653ab158889.png此外 我们还可以对行或者列进行数值注释,比如利用柱状图展示每列样本的年龄,如下:

attachments-2021-10-qBRR9Woq61653b8db61d5.png最终的热图如下:

attachments-2021-10-LE6V9NMS61653c012cc4e.png我们还可以将这个注释调整到底部位置,并修改成 棒棒糖图展示:

attachments-2021-10-HSCN3r7m61653c7126464.png

最终的热图如下:

attachments-2021-10-RgbKzfTX61653c905b1bb.png同样的 左侧和右侧注释 以此类推。

还有一个重要的功能,点击 树状图切换树的位置,这在有时候对样本进行重排列时特别有用。

attachments-2021-10-y0SfVjnp61653d5ec7ca6.png还有一个重要的功能,突出显示特定的 名称,比如这里 指定七个文本如下:

attachments-2021-10-jTTm2vZS616571ba6fcb3.png

最终显示的图片如下:

attachments-2021-10-7C9EsdTs616571ede837d.png

现在 我们来整体介绍一下这个软件:

attachments-2021-10-kBRcORwV616572d02b490.png

attachments-2021-10-58Pvxchg61657322bf3b3.png







  • 发表于 2021-10-12 16:04
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  • 分类:软件工具

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