警告：TCGA 官网下载甲基化注释文件错误！！！

今天我的一个师妹发现 TCGA下载的甲基化450k的数据注释中存在五千来个位点注释的位置一致，顺便给我丢了两个位点cg02493986和cg04652208；查阅之后发现这两个位点确实注释在了同一个位置上，这...

今天我的一个师妹发现 TCGA下载的甲基化450k的数据注释中存在五千来个位点注释的位置一致，顺便给我丢了两个位点cg02493986和cg04652208；查阅之后发现这两个位点确实注释在了同一个位置上，这就很匪夷所思了。

本来以为偶然错误，结果师妹丢过来一篇11分的文章，里面的补充材料（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5389466/#sup1）也存在这样的错误，看来这事不小。

经过仔细的比对和查阅发现 TCGA官网提供下载的甲基化数据是每个样本一个文件的，每个文件里第一列为cpg位点，第二列为甲基化β值，第三列开始是基因组注释信息，这个注释信息中就有约五千个左右的位点注释信息有问题，和其他的位点重复，所以但凡是拿TCGA 甲基化数据并使用其注释信息的都有可能有这个问题，大家自己仔细比对一下。

这里有GEO的450k的注释信息：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?mode=raw&is_datatable=true&acc=GPL13534&id=11288&db=GeoDb_blob92 大家可以参考着用。

ps:这些位点可能不是错误注释，有可能本身探针存在多匹配的情况，所以做分析的时候注意一下。

发表于 2018-08-08 20:28
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