开挖掘机的老司机告诉你，除了GEO还能挖哪里的数据？
我叫林平之，是一个挖掘机驾驶员，不，应该是莫愁师姐的师弟，呃，有一个小小的问题一直困扰着我。就是要怎么分析别人家的芯片。GEO虽然好，但感觉Datasets上的芯片真的很少，根本不够用的呢，那要咋办？
莫愁：那就上Array Express上去咯，我很大方地把网址也交给你吧，就是这个网址，打开后是这个样子：
和GEO差不多，就是随便搜搜，就能得到一堆，当然，它会对搜索的关键词进行一个细分，差不多会是这样，那我们就搜一个肠癌看看：
搜索到之后，点击一下最右边的Atlas，这样就可以利用其中的图形分析的小工具了。随便选一个肠癌的芯片吧，芯片编号就是E-MEXP-3715。
点击进去，差不多是下面这个界面，和GEO差不多，也有一个这样的小工具，可以直接进行分析处理，也能下载分析获得的结果，当然这并不是我要用的。因为这个分析的比较样本选择性较差，就只有一两种选择。
那我们要如何下载这个芯片的数据呢？首先要点击这个红色的“Experiment design”，等页面跳出来之后，再点击蓝色的下载按钮，否则是下载不了的哦。
存到你的盘里，老司机只剩下0.9G了……
会下载到一个挺大的“.tsv”文件，是一个表格文件。
然后打开神器（跟我唱：不要问，不要说，一切尽在不言中。这一刻，偎著烛光让我们静静的渡过。莫挥手，莫回头，当我唱起这首歌，怕只怕泪水轻轻的滑落……不知道的，或许能在你们的收藏夹里找到，因为我也实在不记得是哪个帖子了）
打开后，点击下拉菜单“File”，选择“Open File…”，记住，这次不是GEO的那种Import文件了。
导入后会让你选择表格的数据分类，因为这个表格没啥属性，所以要你自己选择哪个是数据，哪个是行，哪个是列。鼠标点击后会有颜色区分，这个应该不用我来教你咋分了吧……
输入后会显示出芯片的热图，然后要对这个热图来进行进一步的分析。就点上面这个按钮。
中间是分组条件，有的芯片命名有规则，有的没有，具体要看刚才的“Experiment design”界面里对样品的描述了。这里就选癌和癌旁就可以进行分析了。
然后就是稍微有点漫长的等待，毕竟样品多，基因多……
接着就可以直接出现结果了：
做完这个，我觉得我胸前的红领巾更鲜艳了呢……
话说这个神器我是已经介绍过好几遍了，不过我也真的是不记得在哪个帖子里了，也不记得应该回复啥才能得到这个软件了。大家要是有兴趣的话，可以去自己的收藏夹里找找看，除此之外就看你们运气了。不过估计翻起来也麻烦……好了，今天就先策到这里吧。
- 发表于 2018-08-21 11:26
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