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SCHISM介绍
SCHISM是一种计算工具,旨在推断亚克隆层次结构和肿瘤从体细胞突变的演变。推理过程涉及肿瘤进化的两个基本属性的计算评估:谱系优先规则和谱系分歧规则
SCHISM软件安装
https://github.com/KarchinLab/SCHISM/wiki/Installation
这个链接给的安装方法还是比较全的,但是我点进去一看是很长的英文就头大,大概意思是可用docker 安装,里面的包比较全,但要先安装Docker-Toolbox,也可以直接下载的安装包,下载安装包也分两种情况,
从github下载安装包: https://github.com/Niknafs/SCHISM/releases
python setup.py sdist
pip install dist/SCHISM-1.1.0.tar.gz
非github下载安装包: http://karchinlab.org/apps/appSchism.html
pip install SCHISM-1.1.0.tar.gz
安装前要先安装依赖包:
numpy >= 1.7.1 conda install numpy=1.11.3
scipy >= 0.12.0 已安装
matplotlib >= 1.2.0 已安装
pyYAML >= 3.11 已安装
python-igraph>=0.7.0 conda install -c conda-forge python-igraph
sklearn >= 0.14 conda install scikit-learn
安装完成后可以检查一下是否已成功安装:
python -c "import SCHISM; print SCHISM.__version__"
SCHISM使用方法
schism主要用于肿瘤进化树的构建,有两种使用模式:Sequential mode 和 Step-Through mode (github 上面写的很详细,不过需要花时间去专研,希望我的分享可以节约大家专研的时间)
命令行使用:runSchism [Argument] [options]
Sequential mode 这个模式是一步到位的分析,只要给出相应的输入文件,软件就会直接给出最终的分析结果
使用方法:runSchism analyze -c E1.yaml (参数设置文件,可参考链接中的实例E1)
Step-Through mode 这个模式是分步分析模式,可以选择性进行某几项内容的分析,这个模式在结合其他软件一起分析方面具有优势,SCHISM也因此和其他软件具有较高的兼容性
使用方法:
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