DNA pull down实验技术

DNA pull down-MS是体外研究DNA与蛋白互作的有力工具。该技术将生物素标记的DNA片段结合在链霉亲和素磁珠上，再与细胞核蛋白孵育，纯化出与DNA片段互作的蛋白，洗涤洗脱得到的蛋白产物，做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合；做质谱鉴定即可筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息（如具体某个或某些转录因子/组蛋白等）。

一、DNA pull down技术概述
        DNA pull down-MS是体外研究DNA与蛋白互作的有力工具。该技术将生物素标记的DNA片段结合在链霉亲和素磁珠上，再与细胞核蛋白孵育，纯化出与DNA片段互作的蛋白，洗涤洗脱得到的蛋白产物，做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合；做质谱鉴定即可筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息（如具体某个或某些转录因子/组蛋白等）。

二、DNA pull down实验技术原理
        生物素与链霉亲和素间的作用是目前已知强度最高的非共价作用；其中活化生物素可以在蛋白质交联剂的介导下，与已知的几乎所有生物大分子偶联。因此用生物素标记核酸后，利用生物素和链霉亲和素之间的亲和作用，可以纯化出各种生物大分子复合物。

        DNA pull down实验首先针对靶标区域设计DNA探针，探针经过脱硫生物素标记，跟偶联在磁珠上的链霉亲和素结合；细胞核提取物与磁珠-DNA探针孵育，纯化出与靶DNA片段结合的蛋白复合体，洗脱得到DNA片段的结合蛋白质。

三、DNA pull down技术应用
        目的DNA片段的互作蛋白（如转录因子等）筛选。

四、DNA pulldown实验流程
        体外合成生物素标记的DNA片段→提取核蛋白→孵育→洗涤、洗脱互作蛋白→质谱鉴定。

五、DNA pull-down实验-辉骏生物服务内容

项目名称	客户提供	结果交付
DNA pull down	1. 基因信息（物种、序列） 2. 细胞系及培养信息 3. 待验证的蛋白信息 4. 蛋白抗体	1. 原始结果图（包括Input、阳性及阴性对照结果） 2. 完整实验报告（包括实验材料、方法、结果分析）
DNA pull down MS	1. 基因信息（物种、序列或ID） 2. 细胞系及培养信息	1. 原始结果图（input和洗脱液的SDS-PAGE图） 2. 质谱检索结果 3. 完整实验报告（包括实验材料、方法、结果分析）

六、DNA pull down实验服务优势-辉骏生物

1）十年服务经验，客户成果发表在Nature Methods，Oncogene，Cell Research等高水平期刊上。

2）对围绕DNA结合蛋白开展的整体课题提供全方位指导，包括上下游实验设计和结合蛋白的多方法验证等。

3）自有蛋白质组学平台，对dna pull down产物这类微量蛋白的质谱鉴定有十足的把控能力，对后续的生物信息分析有独到的见解

4）售后技术支持将一直保持到客户发表文章，确保客户安心进行下游实验及投稿。

七、DNA pull down样本要求

1. 送样量要求

样本类型	DNA pull down WB建议送样量	DNA pull down MS建议送样量
动物细胞	3*10e7个细胞/组（约3个10cm皿）	5*10e7个细胞/组（约5个10cm皿）
动物组织	1g/组	2g/组
植物叶片	2g/组	4g/组
植物根或果实	4g/组	8g/组
菌体	50ul菌体沉淀/组	100ul菌体沉淀/组

▲注意：这里列出的均为每组样本的送样量，如果实验和对照组用的样本一致，此样本量*2。详细送样指南可联系辉骏生物客服或销售索取：4006991663（实验热线）。

2. 样本保存和运输要求

（1）样本用PBS清洗干净后，离心去掉液体，先放入液氮中速冻，再转移至-80℃冰箱中保存；

（2）样本一定要做好标记，应用油性防冻记号笔或标签纸在管上注明样本名称或编号；

（3）样本较多或需要分批做，要将样本分装；

（4）干冰取样/运输；需要至少在送样前一天通知我方。

八、DNA pull-down实验结果示例-辉骏生物DNA Pull down ms：SDS-PAGE银染检测图

DNA pull down-ms：质谱检索表格（部分展示）

九、辉骏实力

十、DNA pulldown实验服务-客户发表文献

1.Chen R. et al: Lnc-GD2H Promotes Proliferation by Forming a Feedback Loop With c-Myc and Enhances Differentiation Through Interacting With NACA to Upregulate Myog in C2C12 Myoblasts. Front Cell Dev Biol. 2021, IF=6.684.

【研究内容】：本研究通过双荧光素酶，ChIP，DNA pull down和RNA pull down，RIP等实验发现lnc-GD2H在肌肉再生中的作用：在成肌细胞增殖过程中，c-Myc蛋白与lnc-GD2H启动子结合并调节其转录，促进成肌细胞增殖；在成肌细胞分化过程中，lnc-GD2H与成肌细胞分化相关蛋白NACA相互作用，抑制其在Myog启动子的富集，减轻NACA对Myog的抑制作用，促进Myog表达和成肌细胞分化。

2.Ma Y. et al: New insights into the proteins interacting with the promoters of silkworm fibroin genes. Scientific Reports. 2021, IF=4.379.

【研究内容】：本研究报道了家蚕中调控丝素蛋白编码基因所必需的启动子相互作用蛋白（PIP），包括丝素重链(Fibre H)、丝素轻链(FiBL)和一个25kD的多肽蛋白(P25)。作者通过DNA pull down结合质谱分析鉴定与FibH、FiBL和P25启动子区域相互作用的蛋白质，研究首次提供了与丝素基因启动子相互作用的蛋白质的深入图谱，有助于更好地理解丝蛋白的合成调控。

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