cytoscape蛋白互作基础
一、程序：（当前版本）
1./share/nas1/wangyj/research/DGE_pipeline/v1.2/bin/deg_analysis/Protein_to_protein.pl
-uni 输入unigene的fa序列文件
-id 差异分析目录DEG_Analysis/
-od 输出结果目录
2.结果文件目录：
3.用于画图以及提供给客户的文件为*.CytoscapeInput.txt文件
二、画图软件Cytoscape使用说明：
1.安装java环境
2.安装Cytoscape2.8.3
3.打开Cytoscape软件，根据菜单导入*.CytoscapeInput.txt
File ----> Import ----> Import network from table(Text/MS Excel)
会弹出导入文件的对话框，在对话框中设置如下：
(1)Input file：选择文件路径
(2)Source Interaction:Column 1
(3)Target Interaction:Column 3
(4)Interaction Type: Column 5
(5)单击Import
4.调整网络
打开互作数据后，点击如下菜单，调整过程如下（大家最好是统一的）：
①点击
自动调整网络形状。
②Plugins ----> Network Analysis ----> Analyze Network,弹出如下窗口：
③如图所选，Treat the network as undirected ---> OK,弹出如下窗口：
④如上图，点击Visualize Parameters，弹出如下图：
(1)Map node size to:Degree
(2)Map node color to:Clustering Coefficient
(3)Map edge size to:EdgeBetweenness
(4)Map edge color to: EdgeBetweenness
最终生成的网络图：
⑤文件导出
点击相机的按钮，选择输出格式为pdf
三、结果说明（readme.txt）
*.txt：第一列和第三列为基因id,其他列是在STRING数据库中找出这些差异基因间的互作数据。
*.pdf：可视化文件--互作网络中节点(node)的大小与此节点的度(degree)成正比，即与此节点相连的边越多，它的度越大，节点也就越大。节点的颜色与此节点的聚集系数(clustering coefficient)相关，颜色梯度由绿到红对应聚集系数的值由低到高；聚集系数表示此节点的邻接点之间的连通性好坏，聚集系数值越高表示此节点的邻接点之间的连通性越好。边(edge)的宽度表示此边连接的两个节点间的互相作用的关系强弱，互相作用的关系越强，边越宽。
没有的组合代表没有互作关系。
- 发表于 2017-04-13 13:40
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- 分类：蛋白质组学
