在做细菌16S的高通量数据处理时你不得不面对去除嵌合体这玩意，嵌合体是什么鬼，百度一下就知道了，在序列扩增时多数序列是顺着单条序列前进的，如Read1扩增产生新的Read1，Read2扩增产生新的Read2。但有时两条序列也可能缠在一起，扩增时产生的新序列前半段可能属于Read1，后半段属于Read2，形成了拥有两条序列信息的嵌合体序列，如下图：

紧接着你该谷歌一下如何去除嵌合体了，扫一扫文献发现大家都在用usearch，這个usearch在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等序列操作有非常重要的作用。它由Robert Edgar开发，目前已有大量的论文使用，同时很多公司的宏基因组流程中也在使用這个软件，去官网看看发现了一个恐怖的消息：

64-bit竟然要收费，还好32-bit可以免费下载，速度下载完32-bit，在centos安装一下，oh，NO! 不需要安装，直接可用，chmod 修改一下权限即可。

按照教程跑一下发现一直没有结果，几个意思。。。。。。

作为“资深程序猿”应该敏感的发现可能是哪里除了问题，果断打开日志，原来是内存溢出，噢，怪不得，刚开始就感觉32-bit怪怪的，32位支持的最大内存数不超过4GB，面对数据量稍微大一点的就坑爹了，怎么破，这玩意还挺好用的，想想要不买一个得了，查价格去：

看了一眼价格，默默的去问谷歌有没有其他替代工具，皇天不负有心人，找到了一个跟usearch很像的工具vusearch，仔细瞅了瞅，还真挺像的，连名字都只差一个字母，安装标准教程安装一下试试（系统是centos 6.7 tips-给代码不告诉系统环境的都是耍流氓）：

wget https://github.com/torognes/vsearch/archive/v2.4.3.tar.gz
tar xzf v2.4.3.tar.gz
cd vsearch-2.4.3
./autogen.sh#出现了几个问题，看后面
./configure
make
make install  # as root or sudo make install

安装过程出现了几个问题，不过好在有谷歌，就解决了

问题1：

./autogen.sh: line 2: autoreconf: command not found

解决办法：

yum install autoconf

问题2：

Can't exec "aclocal": 没有那个文件或目录 at /usr/share/autoconf/Autom4te/FileUtils.pm line 326.

解决办法：

yum install dh-autoreconf

以上就完成了安装了

使用的话，还没太仔细研究,反正按照官网教程跑了一下，结果还不错。

根据vsearch官方文档来看，它采用的是矢量化的搜索方式，熟悉R或者Matlab的读者可能会比较熟悉这种向量化操作，核心算法为SIMD，辅之以多线程，得以实施高精度高效率的序列比对操作。得益于此，vsearch可以获得比usearch更好的比对效果，特别是针对分区段的比对情况。

安利一个简单的运行命令：

./vsearch --usearch_global queries.fsa --db database.fsa --id 0.9 --alnout alnout.txt

例子中，vsearch从文件database.fsa中以90%的相似性搜索目标序列，并输出到文本文件alnout.txt。与usearch是完全一样的！