微生物多样性分析神器Qiime的centos 6.7的安装历程
QIIME （Quantitative Insights Into Microbial Ecology）是一个专门针对于微生物群落的分析pipline，可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件，QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。
QIIME （Quantitative Insights Into Microbial Ecology）是一个专门针对于微生物群落的分析pipline，可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件，QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。
下面记录一下我的艰难历程：
首先根据官网安装教程进行安装，需要先安装miniconda 然后再使用命令安装
conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda
上述步骤非常顺利的安装完成。
随即按照官网测试命令跑一下走通了，兴高采烈的跑程序，建流程木有问题，除了usearch那玩意需要自己配置（看這里）之前，其他的都能够运行完，很easy。
但是，但是。。。。。。。作为处女座的一员总是感觉每次要用Qiime1之前需要输入这命令，感觉好不爽啊，如图：
pip install qiime
第一个过不去，问题如下
wget http://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-2.4.0.tar.gz
tar -zxvf freetype-2.4.0.tar.gz
cd freetype-2.4.0
./configure
make && make install
make install时遇到问题：
mkdir -p /usr/local/freetype/include/freetype2/freetype/internal
make install
继续 pip install qiime
又遇到问题:
仔细分析，应该是缺少libX11，运行：
yum install libX11-devel.i686
继续 pip install qiime
就這样成功了，迫不及待检测一下结果
- 发表于 2017-05-26 21:39
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- 分类：软件工具
