wwwblast的优秀替代品ViroBLAST使用指南

wwwblast已经不再更新啦,有没有比较好用的替代品呢?ViroBLAST帮你解决问题

不少人会有在自建内部使用的在线的BLAST的需求,NCBI也做了这样的东西叫wwwblast,

但是wwwblast已经很久没更新不说,连NCBI自己都放弃了,在NCBI的FTP站点上现在已经都找不到

下载链接了。ViroBLAST是华盛顿大学微生物学院开发出来的一款非常优秀的替代品。

首先说明ViroBLAST对于商用是需要收费购买License的,但是我们作为非盈利目的的自用的话

是可以免费使用的。有需要的同学请去点我

填写一个表单就可以获取一个免费的License然后就可以下载使用了。

部署安装也是非常简单的,下载了代码之后把代码拷贝到web server的根路径(比如apache的/var/www/html/),运行:

gzip -d viroblast.tar.gz
tar -xvpf viroblast.tar

第一命令很好理解就是按照gzip方式解压,第二个命令-x参数是解tar包,-v是verbose模式,

-f后面直接跟文件,那这个-p是啥意思呢?其实很简单,BLAST需要的索引文件是需要手动建立的,

那么怎么才能让所有人都可以建立索引呢?ViroBLAST已经data目录以及其他目录的权限都搞好了,

-p参数的意思就是权限不重新生成就按照压缩包里面的权限处理。这样就可以在浏览器访问啦(前提是你的web服务是没问题的,每个人环境都不同,这里不多写)。

这时你访问你的ViroBLAST就会发现blastn只有一个Nucleotide test database可供选择,blastp只有一个Protein test database可供选择。我如何新建我自己的BLAST索引呢?

以下以基因组GRCH38p2.fa为例:

第一步:把GRCH38p2.fa复制到ViroBLAST根目录下的db/nuleotide目录(蛋白序列复制到db/protein目录)

第二部:运行

blast+/bin/makeblastdb -in db/nucleotide/GRCH38p2.fa -dbtype nucl

这样你就可以在浏览器上看到GRCH啦!!!

  • 发表于 2017-06-09 16:45
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  • 分类:软件工具

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