GFF3（General Feature Format Version 3）是GMOD项目研发的一套存储序列结构信息的一种数据格式。所谓的序列结构就是一个scaffold或者染色体上面每个位置都是什么序列元件。
GFF每一行代表一个序列元件（以#为开头的注释行除外），每一行有且只有9列（也就是每个序列元件有9个属性），列与列只能必须使用tab键来分割，如果某个序列元件的某个属性为空那么必须使用“.”来代替，这9列从左到右分别是：
1. seqid - scaffold或者chromosome的名称说明
2. source - 产生一个序列元件的软件的名称或者数据源（数据库名称或者项目名称）
3. type - 序列元件的类型，例如：mRNA、CDS等等
4. start - 序列元件在scaffold或者chromosome上的起始位置，从1开始计数
5. end - 序列元件在scaffold或者chromosome上面的终止位置，从1开始计数
6. score - 该序列元件的打分，一般为该序列元件做比对时的E-value和ab initio gene prediction features时的P-value
7. strand - “+”代表该序列元件在scaffold或者chromosome的正链，反之亦反
8. phase - 可以为“0”、“1”、“2”，“0”代表该序列元件的第一个碱基为第一个密码子的第一个剪辑，“1”代表该序列元件的第二个碱基是第一个密码子 的第一个碱基，依次类推。
9. attributes - 该序列元件的一些其他属性，可以有多个每个属性之间必须以“;”分割，例如“ID=some-id;Name=some-name;Parent=some-parent”，请注意这个Parent属性，由于序列元件是很复杂的，一个序列元件（例如：exon）可能属于另外一个序列元件（例如：gene），这个Parent属性的意思就是该序列元件在哪个序列元件上面，如果一个序列元件没有Parent属性，说明他的父元件就是scaffold或者chromosome
例如：
##gff-version 3
ctg123 . mRNA 1300 9000 . + . ID=mrna0001;Name=sonichedgehog
ctg123 . exon 1300 1500 . + . ID=exon00001;Parent=mrna0001
ctg123 . exon 1050 1500 . + . ID=exon00002;Parent=mrna0001
ctg123 . exon 3000 3902 . + . ID=exon00003;Parent=mrna0001
ctg123 . exon 5000 5500 . + . ID=exon00004;Parent=mrna0001
ctg123 . exon 7000 9000 . + . ID=exon00005;Parent=mrna0001
关于GFF3格式的详细介绍，请去GMOD wiki官网查看。
