qqqq 的回答 - 生信人

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问下Gsea和go,kegg 优势在哪，写文章如何取舍

GSEA是通盘考虑全部差异基因的作用，即使某个基因p值只有0.049，gsea也会考虑。go和kegg富集时，优先考虑p值显著的，对于p值0.0499的，程序会默认他们不重要。

回答于 2018-08-23 09:16

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1、尝试升级下R版本；2、用biocLite重新安装WGCNA包。

回答于 2018-08-23 09:16

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这个是常见的情况，软阈值超过一定阈值之后不再符合冥分布，如果觉得看着不舒服，可以把13之后的部分给截掉，1:12,软阈值选择6就可以了

回答于 2018-07-24 08:02

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这种情况都是没有安装好 java的原因，在升级界面里配置一下java

回答于 2018-07-24 08:00

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没有表头你需要在软件的右侧勾选包含表头这样就能导出表头了

回答于 2018-07-24 08:00

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所以你想用WGCNA做什么呢？根据你的思路去选取数据处理方法

回答于 2018-07-24 07:58

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应该是你安装的那个java版本的问题，可以使用内置的java看看

回答于 2018-07-24 07:57

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这种情况建议你先做一下TPM,或者分位数标准化，如果还是这样说明结果本身就是如此

回答于 2018-07-24 07:55

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这些使用Excel配合小工具就可以完成

回答于 2018-07-23 17:47

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看你的文件名称很奇怪，这样的文件名称路径可能不识别，建议你换个正常点的文件名称

回答于 2018-07-23 08:48