输出信息:'ERROR : 无法打开链结 \r\n' 错误信息:'Warning message:\r\nIn file(file, ifelse(append, "a", "w")) :\r\n 无法打开文件\'5 ng/ml human recombinant BMP9 for 24hrs;-vs-none (control);.limma.txt\': No such file or directory\r\n' 看来是文件路径的问题。
回答于 2017-10-16 09:52
错误信息:b"Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : \r\n 'row.names'\里不能有重复的名字Calls: read.csv -> read.table\r\n停止执行\r\n",看来是行名有重复,你可以把你的文件发过来,我具体测试一下。
回答于 2017-10-13 09:21
前面的GTF类作为库写的已经足够好,下面主函数的逻辑改下就行了: 测试数据: chrXStringTietranscript1546324731546331821000-.gene_id "STRG.136"; transcript_id "STRG.136.1"; reference_id "NR_027402_dup1"; ref_gene_id "NR_027402"; ref_gene_name "FAM223B"; cov "0.043709"; FPKM "25.671564"; TPM "43.296898...
回答于 2017-08-04 10:09
你需要的是一个GTF文件解析器,例如:GTF Parser 根据你的需要我造了一个轮子(FTKN?图上标出来的好像是FPKM) 假设有如下GTF文件(纯属捏造): chr1 Cufflinks exon 11874 12227 . + . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000003"; exon_number "1"; gene_name "uc010...
回答于 2017-08-02 16:57
其实json和csv都是对编程友好的数据格式,如果要转换的文件小话有一些在线的网站: json to csv xml to csv
回答于 2017-07-20 11:07
第一种方法: 下载https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py进行安装 第二种方法: 直接安装python-pip apt-get install python-pip 第三种方法: 使用Anaconda的话: conda install pip 综上所述,使用Anconda来管理Python环境是一个一劳永逸的方法。
回答于 2017-06-21 13:55