18 个回答
按照步骤，DEcenter显示错误，请老师帮忙看看，指导一下。
输出信息：'ERROR : 无法打开链结 \r\n' 错误信息：'Warning message:\r\nIn file(file, ifelse(append, "a", "w")) :\r\n 无法打开文件\'5 ng/ml human recombinant BMP9 for 24hrs;-vs-none (control);.limma.txt\': No such file or directory\r\n' 看来是文件路径的问题。
回答于 2017-10-16 09:52
按照步骤，DEcenter显示错误，不知是哪里问题，请老师帮忙看看。
错误信息：b"Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : \r\n 'row.names'\里不能有重复的名字Calls: read.csv -> read.table\r\n停止执行\r\n"，看来是行名有重复，你可以把你的文件发过来，我具体测试一下。
回答于 2017-10-13 09:21
Python处理如何将相同基因的FPKM算一个平均值再输出
前面的GTF类作为库写的已经足够好，下面主函数的逻辑改下就行了： 测试数据： chrXStringTietranscript1546324731546331821000-.gene_id "STRG.136"; transcript_id "STRG.136.1"; reference_id "NR_027402_dup1"; ref_gene_id "NR_027402"; ref_gene_name "FAM223B"; cov "0.043709"; FPKM "25.671564"; TPM "43.296898...
回答于 2017-08-04 10:09
如何用python写一个可以提取测序数据gtf文件中每个基因的FPKN值...
你需要的是一个GTF文件解析器，例如：GTF Parser 根据你的需要我造了一个轮子（FTKN？图上标出来的好像是FPKM） 假设有如下GTF文件（纯属捏造）： chr1 Cufflinks exon 11874 12227 . + . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000003"; exon_number "1"; gene_name "uc010...
回答于 2017-08-02 16:57
自己下载的TCGA临床数据，一种是一个JSON文件，一种是很多个XML...
其实json和csv都是对编程友好的数据格式，如果要转换的文件小话有一些在线的网站： json to csv xml to csv
回答于 2017-07-20 11:07
centos下有没有快速安装python的包管理软件pip方式
第一种方法： 下载https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py进行安装 第二种方法： 直接安装python-pip apt-get install python-pip 第三种方法： 使用Anaconda的话： conda install pip 综上所述，使用Anconda来管理Python环境是一个一劳永逸的方法。
回答于 2017-06-21 13:55