10 请问wgcna分析中制定模块的找hubgene的代码?

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月野兔

nGenes=ncol(datExpr)

nSample=nrow(datExpr)

#选基因

datME=moduleEigengenes(datExpr,moduleColors,trapErrors=FALSE)$eigengenes

HG=networkScreeningGS(datExpr,datME,t(geneTraitSignificance),oddPower = 3,blockSize = 1000,minimumSampleSize = 4, addGS = TRUE)

GeneResultsNetworkScreening=data.frame(GeneName=row.names(HG),HG)

write.table(GeneResultsNetworkScreening,file="HubGene.txt",row.names=F,sep="\t")


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  • youlukuan2016 提出于 2018-04-01 09:37

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