3 使用PennSeq报错:ValueError: invalid contig `chr8_KI270816v1_alt`

具体如下:

Traceback (most recent call last):
  File "PennSeq.py", line 114, in <module>
    for read in bamFilePysam.fetch(geneChr, geneStart, geneEnd):
  File "pysam/libcalignmentfile.pyx", line 1066, in pysam.libcalignmentfile.AlignmentFile.fetch
  File "pysam/libchtslib.pyx", line 675, in pysam.libchtslib.HTSFile.parse_region
ValueError: invalid contig `chr8_KI270816v1_alt`


求大神帮忙解决!

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  • 一个崔 提出于 2018-04-17 08:05

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