5 WGCNA使用疑问

大家好,我是根据这篇文章在尝试计算一些工作:https://www.shengxin.ren/article/88

但是目前遇到了一些结果解释上的问题,因为附带的资料里并没有公式上的解读,所以在此请教。

①关于code:

# Recalculate MEs with color labels
MEs0 = moduleEigengenes(datExprFemale,moduleColorsFemale)$eigengenes
MEsFemale = orderMEs(MEs0)

这里计算MEs0得到的数据框怎么解读呢?Rhelp文件里写moduleEigenegenes是利用主成份分析的思想,

这个数据框是一个nxp的矩阵,n代表样本数,p代表色块(应该就是主成份吧),那这个矩阵里的每一个入值代表什么呢?正负又有什么意义呢?

我的部分值:

attachments-2017-07-KGR1zGL9597151f280c8

②关于图像

attachments-2017-07-q6mSbpNI59715173c074

这个是我模拟做出来的一幅图,与作者附带的老鼠研究的图中有一个不同,就是负相关的第一幅图,我现在不知道该怎么解读了。

纵坐标里包含了每个基因的表达(跨样本)与感兴趣的协变量之间的相关性,这个我可以简单理解为,纵向的正相关表示表达上升,协变量(连续变量)上升,负相关表达上升,协变量下降吗?

横坐标有些不明白,主要是因为上面那句代码计算出的结果不太会解读。我自己的猜测是对于色块里每个基因与这个色块的关系度,那么正负又代表什么意思呢?与模块的什么正相关或者负相关?

那么横纵坐标放在一起又代表什么呢?

因为我的图像里可以看到第一幅图,从图像来看又是一个负相关,这个该怎么解读呢。

希望同行们可以给出一些解释,非常感谢。

另外如果有关于这个部分的公式解读那就更好了,因为文档里是这本书12节的介绍,主要是代码和基本的图像解读,有些确实是看不太懂。

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