如何处理TCGA非数值型临床数据

你好，学生最近在做WGCNA做到模块与临床信息相关联时遇到困惑，想问一下面对TCGA临床资料里的非数值型变量该如何处理，谢谢！

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1 个回答

放牛班の春天 2017-07-23 08:03

我记得原帖里就是非数值变量吧，做的是乳腺癌亚型与基因表达的关联，如果是二分类变量的话，写成0，1就可以了，

同样可以计算相关性的。WGCNA那本书上用的是肝癌小鼠的例子，是和体重挂钩的。

如果是其他分类有标度的话，我觉得你只需要根据数据类型是否有序，给一个标度就可以了，因为最后刻画的是相关性，我觉得应该没有什么影响，你可以尝试一下哈。