用GEO2R和DECenter同时做一个数据库，结果相反，但是我完全是按照先加入肿瘤样本，再粘贴对照组样本，出来的确是反的，但差异因表达上调和下调与oncomine基本一致。而GEO2R的数据如下图，在肿瘤中明明低表达，癌旁中高表达，但logFC却是正值，是不是有问题，求解答

我发现用GEO2R和DECenter同时做一个数据库，结果相反(即基因上下调相反)，但是我完全是按照先加入肿瘤样本，再粘贴对照组样本，出来的确是反的。而GEO2R的数据如下图，在肿瘤中明明低表达，癌旁中高表达，但logFC却是正值，是不是有问题，求解答

默认排序时间排序

2 个回答

qqqq 2018-07-23 08:47

正好相反，那肯定是肿瘤和癌旁整反了，纠正过来就好了

Yue 2020-10-15 15:22

楼主请问您怎么解决这个问题的呢？我也遇到了这个问题，跟你的一模一样，logFC是正值，但是肿瘤中是低表达的