转录本表达定量通常都是通过read比对来做，也有通过kmer做的。可以利用raw counts of mapped read 进行评估，但是这个指标没有考虑基因的长度和其他的因素。RPKM是一个去除了基因长度和文库影响的组内标准化的指标，同样的指标还有FPKM，RPKs，TPM等。主要的软件：Cufflinks,RSEM (RNA-Seq by Expectation Maximization) , eXpress , Sailfish and kallisto 。
一般情况下FPKM可以直接用于下游数据分析，但是如果存在较大的batch effect 建议标准化（log）缩小下，看看效果。
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