RNA-seq的fpkm数据应该用什么差异分析方法？

我从GEO数据库下载了芯片（GSE106297）进行分析，刚学生信不久，有几个问题想不明白想请教下各位大牛：

1. 这个芯片只能下载到RNA-seq的fpkm数据，请问该用什么方法进行差异分析比较合适呢？limma是不是不适合用于RNA-seq的分析？

2. 该芯片对应的文章中作者用的是read count数据然后用edgeR分析，fpkm跟count之间可以进行转换吗？

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2 个回答

凌云月 - 医生 2018-09-26 00:00

简单看了一下，你可以下载原始raw data数据，用服务器去跑RNA-seq流程，最后得到read counts数据。据我了解 FPKM好像不能转换为counts数据，但是FPKM可以转换为TPM，用TPM做差异分析貌似也是可以，但是不提倡，好像有个软件包可以用TPM值做差异分析。

奈何一笑 - 医生 2018-09-26 16:10

FPKM可以用limma去运行，不过数值比较大的话要先进行log2转化。