5 RNA-seq的fpkm数据应该用什么差异分析方法?

我从GEO数据库下载了芯片(GSE106297)进行分析,刚学生信不久,有几个问题想不明白想请教下各位大牛:

1. 这个芯片只能下载到RNA-seq的fpkm数据,请问该用什么方法进行差异分析比较合适呢?limma是不是不适合用于RNA-seq的分析?

2. 该芯片对应的文章中作者用的是read count数据然后用edgeR分析,fpkm跟count之间可以进行转换吗?

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2 个回答

潜龙在渊 - 医生

简单看了一下,你可以下载原始raw data数据,用服务器去跑RNA-seq流程,最后得到read counts数据。据我了解 FPKM好像不能转换为counts数据,但是FPKM可以转换为TPM,用TPM做差异分析貌似也是可以,但是不提倡,好像有个软件包可以用TPM值做差异分析。

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奈何一笑 - 医生

FPKM可以用limma去运行,不过数值比较大的话要先进行log2转化。

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  • babybanana 提出于 2018-09-21 16:27

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