1.看到很多分析实例用的数据都是从什么什么数据库下载来的，这些数据来自不同的个体这样不会有个体差异吗？因为按我的理解不同样本可能处于一个过程中不同的时间点，时间点间的差异造成表达量上的差异然后反映协作关系，但由于存在个体差异，这种表达量差异不会混杂着个体差异吗，影响最后的分析结果
2.在计算模块与表型相关性的那一步中计算的到底是模块整体表达量与什么之间的相关性，按我的理解既然是分析一个过程中的作用，那就是时间变量？从本站一个写WGCNA实例的文章来看，在y矩阵上，作者把具有对应表型特征的样本值定为1，其它的定为0，按照之前的理解这个意思就是说，假定所有样本的取样时间点是相同的。显然相关性好的在不同样本中表达量就越接近，而按照时间点相同的条件，意味着该模块对这个过程有很关键的影响，因为同一个时间点所有个体该模块表达量都相近，代表着个体差异是很小的，说明该模块表达量的个体差异对表型影响很大，稍微有较明显的差异就会造成不同的表型。这样解释貌似很完美，但时间点相同不就跟上面矛盾了吗？如果没有时间点上的表达差异那模块划分是以什么为依据的
求各位大佬指点，已经晕了