大家好，我想请教下，有3个生物学重复的组蛋白修饰ChIP-Seq数据怎样合并比较合理呢？目前试了两种方法：（1）直接合并bam文件，再进行call peak；（2）3个重复分别call peak，然后取至少在2个样品中同时出现的peak 进行后续的分析。结果发现，采用方法2得到的peak比方法（1）减少了1/2，而采用方法1得到的peak数目更接近于每个生物学重复样品单独进行call peak得到的peak数。
这两种方法哪种更科学合理呢？或者在处理这种问题时，有没有其他更好的解决方法呢？谢谢