10 有生物学重复的ChIP-Seq数据处理

大家好,我想请教下,3个生物学重复的组蛋白修饰ChIP-Seq数据怎样合并比较合理呢?目前试了两种方法:1)直接合并bam文件,再进行call peak;(23个重复分别call peak,然后取至少在2个样品中同时出现的peak 进行后续的分析。结果发现,采用方法2得到的peak比方法(1)减少了1/2,而采用方法1得到的peak数目更接近于每个生物学重复样品单独进行call peak得到的peak数。

这两种方法哪种科学合理呢?或者在处理这种问题时,有没有其他更好的解决方法呢?谢谢

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  • hey~凤梨 提出于 2018-11-30 10:22

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