我根据文献2016 Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown进行转录组的分析，得出的表达矩阵和差异分析里多次出现两个相同基因的数值，是转录本可变剪切体的原因？或者与HISAT中
--dta
Report alignments tailored for transcript assemblers including StringTie.
有关？
如何合并统一计算处理呢？
谢谢各位。
hisat2+stringtie+ballgown可以获得转录本的表达矩阵，也可以获得基因表达矩阵，你先看清楚你是获得啥表达矩阵，参考文献获得基因表达矩阵是没有基因名字的，需要自己去转化，按照文献的代码转录本的表达矩阵会添加上基因名字，会出现多个转录本对应一个基因名字，所以我猜你可能是用的转录本的表达矩阵吧
