3 单细胞的hvgs可以做WGCNA吗?

10x的单细胞RNAseq的数据,筛选出高度可变基因,用这些hvgs的一个表达矩阵作为输入数据。行为基因,列为细胞(不同细胞类似于一般WGCNA里列对应的不同样本,大概四千多个)。表达矩阵是以稀疏矩阵存储的,是否要做一些转换?用logcounts可以吗?

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1 个回答

liuzhe

我觉得最好不要这么做,你这个单细胞细胞数目至少是几千。。。。得到的加权网络和预期会存在较大差异(在解释结果上面)

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