高通量测序数据中,CpG甲基化谱的获取

我现在在GEO数据库中找到了些甲基化谱数据,但是他们给的是原始数据,不会处理啊。例GSE79277,我想得到每个CpG位点对应的表达谱数据,请问哪位大神有比较详细的处理流程

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1 个回答

Jason Y.J. Wei - 计算表观遗传学公众号
擅长:生物信息学,表观遗传学,泛癌组学分析,生物数据平台建设

就你给出的GEO数据集编号,你可以通过直接获取Series Matrix File(s)【这个可以在页面下方Download family中找到】来得到处理好的甲基化谱,不用自己处理原始数据,链接如下:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE79nnn/GSE79277/matrix/

关于CpG位点对应的表达谱,一般情况下不是这样讲的,通常是把CpG位点先比对到基因上,然后去考虑基因的甲基化水平(启动子区域)和基因的表达水平。

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