GEO甲基化芯片,R软件分析的,可以分析出差异甲基化位点(113个),但是没有差异甲基化区域,如下图:这是什么原因?在进行芯片质量控制时MDS图如下:组内差异比较大时需删除相应的样本,这个MDS图怎样解读?谢谢
条件严格,没有找到region?MDS来看研究群体结构是否一致,在大量数据下,样本应该聚在一起,没有分群现象。样本数据少可能会不明显。