1,使用scde分析单细胞测序数据,无法重复其使用手册中的命令
2,以下是biocondactor上面的SCDE包的Reference Manual命令
library(scde) data(es.mef.small) cd <- clean.counts(es.mef.small, min.lib.size=1000, min.reads = 1, min.detected = 1) sg <- factor(gsub("(MEF|ESC).*", "\\1", colnames(cd)), levels = c("ESC", "MEF")) names(sg) <- colnames(cd) #以上命令都能成功运行 o.ifm <- scde.error.models(counts = cd, groups = sg, n.cores = 10, threshold.segmentation = TRUE) #运行此命令时报错如下:
Error in FUN(X[[i]], ...) : trying to get slot "logLik" from an object of a basic class ("function") with no slots 自我检查: 1,R版本和SCDE包不冲突,library正常,所依赖的包都有 2,以为是命令引起程序误会,使用scde::scde.error.models 命令也不可以 请求大神赐教