8 SCDE包分析单细胞测序基因差异,使用手册中的命令不能重复出来是怎么回事

1,使用scde分析单细胞测序数据,无法重复其使用手册中的命令

2,以下是biocondactor上面的SCDE包的Reference Manual命令

library(scde)
data(es.mef.small)
cd <- clean.counts(es.mef.small, min.lib.size=1000, min.reads = 1, min.detected = 1)
sg <- factor(gsub("(MEF|ESC).*", "\\1", colnames(cd)), levels = c("ESC", "MEF"))
names(sg) <- colnames(cd)
#以上命令都能成功运行
o.ifm <- scde.error.models(counts = cd, groups = sg, n.cores = 10, threshold.segmentation = TRUE)
#运行此命令时报错如下:
Error in FUN(X[[i]], ...) :
  trying to get slot "logLik" from an object of a basic class ("function") with no slots

自我检查:
1,R版本和SCDE包不冲突,library正常,所依赖的包都有
2,以为是命令引起程序误会,使用scde::scde.error.models 命令也不可以
请求大神赐教
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  • 提出于 2019-04-15 20:48

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