关于Blast+本地比对

您好,想请教一下Blast+ 本地比对时,Linux command line恰当的参数设置和格式输出

1、percent identity有必要设置吗?

2、我的Blastn命令如下

 blastn -query HomoChr.fasta -db hbbNt -out hbbNt.blastn@nt.TabulrComment -evalue 1e-5 -word_size 20 -max_target_seqs 10 -penaty -2 -reward 1 -perc_identity 90 -num_threads 8 -outfmt "7 qacc sacc evalue qstart qend sstart send length pident bitscore mismatch gaps"

输出的结果table打开之后如下

attachments-2019-07-hj6F63Lr5d3135cc3e694.png首先每一列没有对应的表头,另外结果出现很多重复,如何修改命令可以 以下面的例子正确输出

attachments-2019-07-dJR1zt065d31363da8317.png如果可以的话,能加下您微信吗?

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  • Binbin HE 提出于 2019-07-19 11:18

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