请教老师：我一共找到4个GSE数据集，分别以GSE1、GSE2、GSE3、GSE4代替，其中GSE1、GSE2、GSE3是同一个GPL，GSE4是另外一个GPL, 我该怎么分析？把GSE1、GSE2、GSE3提取原始数据，合成一个，然后与GSE4分别计算差异基因，二者取交集？谢谢

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1 个回答

凌云月 - 医生 2019-08-31 20:31

sva包可以去批次效应合并四个数据集进行差异分析。也可以四个分别进行用limma包进行差异分析后，用RRA算吗合并四个差异分析结果，找到最佳的差异gene list。