新手,作业:真核产生ferricrocin(一种)铁配合物 需要sidC这个基因,我该怎么在蓝藻中找类似sidC功能的基因?目前想法:
逻辑 1:blast(x或p)对比真核 这个基因的functional domain 与目标蓝藻所有蛋白(前提先把 原核蛋白functional domain做成database),做blast的时候可以考虑阈值降低一点
2:structure prediction 和function prediction 然后用prediction结果去和真核蛋白structural alignment
但现在有几个问题:1阈值该降低多少? 2structure prediction 该怎么做?
3我是应该 一个domain一个domain做blasp吗? 做完什么结果算是功能相近?附上一个用一个domain比对这个蓝藻蛋白的结果: