有偿!有人会蛋白组学分析吗?用过蛋白数据库吗?

有人用过蛋白数据库CPTAC吗(或者其他蛋白数据库)?    现在我们想用蛋白数据做一个小东西,但是公共数据库不太会用。如果有大神会的话,求帮助一下。是有报酬的。

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2 个回答

househouse

你需要什么帮助啊  啊啊啊啊啊啊啊

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百泰派克生物

您好,想问一下您使用数据库具体是用来干什么呢?如果是想要进行蛋白测序,常用的数据库是UniProt和NCBI。蛋白测序包括蛋白鉴定、蛋白序列确证服务及未知蛋白的从头测序分析。基于质谱进行简单的蛋白鉴定,是通过鉴定属于这个蛋白的部分肽段序列信息从而将目标蛋白鉴定出来,将鉴定出来的序列信息与数据库中的理论序列进行匹配,进而计算出您蛋白序列的覆盖度,判断表达的蛋白是否是您的目标蛋白;蛋白序列确证服务是利用五种酶酶切蛋白,实现对所测蛋白序列的100%全覆盖,从而确定纯化的蛋白中每一个氨基酸序列是不是与数据库中理论序列一致。蛋白从头测序是针对没有理论序列的蛋白,利用五种蛋白酶酶切肽段之间的互补性实现蛋白分子100%全序列的拼接,从而得到目标蛋白的完整序列,以保证最终结果的准确性。UniProt搜索蛋白序列的步骤是:打开UniProt 官网,选择Supporting data 中的Taxonomy,然后输入您的样品物种拉丁名,找到对应的蛋白序列即可下载。如下图所示。如果您后期要进行蛋白测序,可以联系我们,电话:15201377680(微信同号)。attachments-2020-08-IM6X9gtm5f3e473f35015.png

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