10 关于CIBERSORTcor的R模板问题

我用了例子数据和例子模板输出正常的箱式图,但是现在用我自己的数据就不行,出现下列错误,如下:

library(ggpubr)

> pFilter=0.05

> setwd("C:\\Users\\haowenjun\\Desktop\\19.CIBERSORTcor")                           #设置工作目录

> rt=read.table("CIBERSORT-Results.txt",sep="\t",header=T,row.names=1,check.names=F)    #读取文件

> data=rt[rt[,"P-value"]<0.05,]

> data=data[,1:(ncol(rt)-3)]

> Type=read.table("cluster.Immunity.txt",sep="\t",check.names=F,row.names=1,header=F)

> Type=Type[row.names(data),]

> colnames(Type)=c("cluster","Subtype")

> outTab=data.frame()

> data=cbind(data,Type)

> for(i in colnames(data[,1:(ncol(data)-2)])){

+   rt1=data[,c(i,"Subtype")]

+   colnames(rt1)=c("expression","Subtype")

+   ksTest<-kruskal.test(expression ~ Subtype, data = rt1)

+   pValue=ksTest$p.value

+   if(pValue<pFilter){

+       outTab=rbind(outTab,cbind(rt1,gene=i))

+       print(pValue)

+   }

+ }

Error in if (pValue < pFilter) { : 需要TRUE/FALSE值的地方不可以用缺少值

> write.table(outTab,file="data.txt",sep="\t",row.names=F,quote=F)

> #绘制箱型图

> data=read.table("data.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)       #读取箱线图输入文件

Error in read.table("data.txt", sep = "\t", header = T, check.names = F) : 

  输入中没有多出的行

> data$Subtype=factor(data$Subtype, levels=c("Immunity_L","Immunity_M","Immunity_H"))

> p=ggboxplot(data, x="gene", y="expression", color = "Subtype",

+      ylab="Fraction",

+      xlab="",

+      palette = c("green","blue","red") )

Error in `[.data.frame`(data, , x) : undefined columns selected

> p=p+rotate_x_text(45)

> pdf(file="boxplot.pdf",width=7.5,height=5.5)                          #输出图片文件

> p+stat_compare_means(aes(group=Subtype),symnum.args=list(cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 1), symbols = c("***", "**", "*", "ns")),label = "p.signif")

> dev.off()

null device 

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1 个回答

the6012

你好,想问下你是把数据上传到网站分析的么,我现在无法上传文件,没任何反应。还是用R包分析的,这样的话想求包

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  • 提出于 2020-03-02 22:20

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