首先,获取表达谱数据,可以通过简易TCGA下载工具下载胶质瘤数据。
其次,获取lncRNA的列表,可以运用https://www.shengxin.ren/question/23里的代码运行得到lncRNA信息
根据第一步和第二步得到的文件运行一下代码就可以得到lncRNA的表达谱啦
def getlncRNA():
_file='H:/lncRNA_ID.txt'
f=open(_file,'r')
lines=f.readlines()
_lncRNA=[]
for line in lines:
line=line.rstrip().strip()
lnc=line.split('\t')[0]
if lnc not in _lncRNA:
_lncRNA.append(lnc)
return _lncRNA
def getlncRNAExpre():
_lncRNA=getlncRNA()
_file='H:/Merge_matrix.txt'
f=open(_file,'r')
lines=f.readlines()
f.close()
fw=open('H:/lncRNAExpre.txt','w')
for line in lines:
line=line.rstrip().strip()
_list=line.split('\t',1)
if(_list[0] in _lncRNA):
fw.write(line+"\n")
fw.close()
if __name__ == '__main__':
getlncRNAExpre()