5 DESeq2分析转录组学数据原始数据筛选问题

attachments-2020-05-8J0zANg05ed23c1de5442.pngDESeq2分析时FDR<0.05筛选出的差异基因太少了,DESeq2处理原始count的时候可以先用FC筛掉一部分数据吗,因为这部分变化不大的基因占得比例很大影响P值校正,比如我尝试了FC<1.2且FC>0.83这一部分数据不要了(一共两万多个基因这一步筛掉了一万三,剩下八千左右),剩余部分原始count导入DESeq2做差异分析,因为这样P值校正后筛选得到的差异基因多一些,然后里面有我想做的通路。但是我筛选之后画的火山图感觉不太好看。这样可以用吗

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  • 辛宇 提出于 2020-05-30 18:57