TCGA下载的FPKM数据,做WGCNA,不管是去除低表达基因还是用MAD或者方差取前50%,灰色模块都有很多基因,也调整过minModulesize=50,mergeCutheight=0.3,还是有很多灰色基因。。。请问可以怎么调整,还是说数据就这样没办法了?
你是不是用的SangerBox里面的WGCNA小工具?能用吗?我导入后得到的结果里面,表型总是“Random1”和“Random2”,样本信息里的表型根本就没有出现啊。