从TCGA下载的MicRNA数据第一列代表gene sympol吗?

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1 个回答

王心宇 - 生物信息研究生

建议下次配上图片,这样能提供更多的信息,得到更准确的解答。

以我从TCGA下载的人类直肠癌miRNA表达数据(TCGA-AF-2687-01A-02T-1735-13.mirna.quantification.txt)为例,

attachments-2017-04-TWtd9B4758fd61bc0e1c这里第一列是miRNA_ID,以hsa-mir-101-1、hsa-mir-101-2

hsa代表是人类(Homo sapiens),mir代表是miRNA,101表示其发现顺序,

-1、-2表示这两个miRNA都是来自于是由不同基因组位置上的DNA序列转录加工成的相同成熟体的miRNA。

hsa-mir-101-2chr948502974850375
hsa-mir-101-1chr16552411765524191

这种命名规则是来自于miRBase数据库,与gene symbol是不一样的,

更详细的请看丁香园-miRNA命名规则miRBase官网-命名规则

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