10 关于pheatmap画热图的问题

attachments-2020-07-mkdZCaTl5efdd48478bec.png请问各位老师,怎么改变基因顺序,即让各组的红蓝色对调一下,让cancer组红色在上蓝色在下,normal组红色在下蓝色在上?下面是我的代码,请问该如何调整

lncRNA_exp_heatmap<-lncRNA_exp[row.names(final_DElncRNA),]

ann_col = data.frame(Type = factor(rep(c("cancer","Normal"),c(3,3)) )) 

rownames(ann_col) <- colnames(lncRNA_exp_heatmap)

ann_colors = list(Type = c(cancer = "indianred2", Normal = "mediumpurple3"))

bk = unique(c(seq(-5,5, length=1000)))

pheatmap(lncRNA_exp_heatmap,

         annotation_col = ann_col,annotation_legend=TRUE,annotation_colors = ann_colors,breaks = bk,scale = 'row',

         cluster_rows=TRUE,cluster_cols=TRUE,show_colnames = TRUE,show_rownames = FALSE,

         color = colorRampPalette(c("blue","white","red"))(1000))



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2 个回答

fourofour - 博士生

你把下半部分的基因排在前面再画图应该就可以了吧

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张欢欢

这个应该是改不了的,这是聚类后的状态,除非你不做横向聚类

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  • 肖晓 提出于 2020-07-02 20:36

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