5 人和鼠的基因比较

我现在有一列鼠的差异基因列表(gene ID),要看它们在人类中的表达情况,应该怎么弄哈。

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1 个回答

张海伦 - 生物信息分析员

今天给大家推荐一个神器-LocExpress,研究人和小老鼠的有福气了。


摘要


大家都知道转录本的表达存在时空特异性,因此跟其所处的组织和细胞类型相关。目前已有的在线数据库都是之前计算好的表达量,无法实现对新转录本的定量,而传统的组装再定量方法又过于繁琐。


结果


因此我们开发了LocExpress在线定量工具,它可以支持人的多种组织和细胞类型,当然小老鼠也可以,目前大概20中正常人类组织和14中细胞类型。这个工具的好处在于可以对新的转录本采用特定的算法快速定量,这是其他工具所做不到的。几分钟可以计算几百个,是不是很高能。


结论


高能神器体验网站:http://loc-express.cbi.pku.edu.cn


背景


随着测序成本的降低,越来越多的转录本出现了,但是这些转录本在不同组织内的表达不同,对其定量较为复杂。传统的定量方法较为麻烦,需要先组装,然后全局定量,这样比较耗时,不利于在线快速处理。本文开发了一款工具主要核心在于利用MSB(minimum spanning bundle)圈定比对的read,然后利用STRINGTIE快速定量。


文章已经开发成为工具,现在支持的组织和细胞类型如下。

640?wx_fmt=jpeg&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy

这个工具的算法流程如下。

640?wx_fmt=jpeg&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy

对其准确性和运行时间进行评估,结果如下。

640?wx_fmt=jpeg&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy

其网站打开首先如下,会得到如下矩形图,这个就代表其表达量的高低。

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  • land_fly 提出于 2017-05-03 17:01

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