本人刚接触r语言不久,用DESeq2处理tcga简易下载工具下载的数据是仿照网上教的处理pasilla方法,另外建立一个文档来分组,如图:
处理代码如下:
library(DESeq2)
setwd("C:/Users/Chen/Desktop/test/result")
data <- read.table("test.txt",header = T,sep="\t")
exprSet <- data
group<-read.table("group.txt",header = F,sep="\t")
group_list <- group[,2] colData <- data.frame(row.names=colnames(exprSet), group_list=group_list)
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet, colData = colData, design = ~ group_list)