10 用R中的DESeq2处理tcga下载的数据出现some values in assay are negative错误

本人刚接触r语言不久,用DESeq2处理tcga简易下载工具下载的数据是仿照网上教的处理pasilla方法,另外建立一个文档来分组,如图:

attachments-2017-11-ipQxF2NY5a0b0da9d0106.处理代码如下:

library(DESeq2)

setwd("C:/Users/Chen/Desktop/test/result")

data <- read.table("test.txt",header = T,sep="\t")

exprSet <- data

 group<-read.table("group.txt",header = F,sep="\t")

group_list <- group[,2] colData <- data.frame(row.names=colnames(exprSet), group_list=group_list)

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet, colData = colData, design = ~ group_list)

Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) : some values in assay are negative
请问出错原因是什么,请各位大神指教,已经检查过是没有负值的了,请问该如何改写正确?还有在DECenter用DESeq2处理过程也是出错,请问是之前问题所答的正在调试软件的原因吗?


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