GEO中的GPL文件,对应的是该芯片的probe profile。control的probe profile当然也是这个文件。
targets是指导入原始芯片数据时的文件列表。包含以下四列内容,用tab分隔:
Name FileName Cy3 Cy5
想用R里面的limma包分析GEO数据库里已有的illumina microarray数据,看教程需要有三个文件,有probe profile、control probe profile、targets这样三个文件,但是在GEO数据库里可以下载的数据是怎么和这三个对应的呢?谢谢!