3 用read.ilmn分析GEO数据集时,在GEO数据页面里哪个文件为probe profile,哪个文件为control probe profile?

想用R里面的limma包分析GEO数据库里已有的illumina microarray数据,看教程需要有三个文件,有probe profile、control probe profile、targets这样三个文件,但是在GEO数据库里可以下载的数据是怎么和这三个对应的呢?谢谢!



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1 个回答

strings

GEO中的GPL文件,对应的是该芯片的probe profile。control的probe profile当然也是这个文件。


targets是指导入原始芯片数据时的文件列表。包含以下四列内容,用tab分隔:

Name FileName Cy3 Cy5

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