WGCNA分析性状构建
大家好，最近在做WGCNA，碰到了一点问题，我所关注的A基因在X肿瘤中发挥着重要的功能，而X肿瘤有两个亚型X1和X2，我想看看A基因在这两个亚型里的共表达基因有哪些？参与的通路是否一样？我的思路是先筛选出X1和X2的差异表达基因(当然基因A包括在里边)，然后基于共表达基因集进行网络构建和模块分析，最后得到下面这个结果（A基因所在的模块是greenyellow），感觉这不对啊，A基因不应该在一个亚型里是正相关，另外一个亚型里是负相关吧，难道是我性状矩阵构建有问题吗？(性状矩阵构建代码：design=model.matrix(~0+ datTraits$subtype))，性状构建出来确实一个里边是0，另一个里边是1，是这个原因吗？求解答，万分感谢！！
