GATK的HaplotypeCaller能不能做somatic（cancer）variant discovery呀？虽然官方推荐使用MuTect2，但是我不太懂其中道理 - 生信人

GATK的HaplotypeCaller能不能做somatic（cancer）variant discovery呀？虽然官方推荐使用MuTect2，但是我不太懂其中道理

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strings 2017-12-06 09:31

从原理上讲，

HaplotypeCaller是与ref（通常是hg19）比较，得到germline数据。

Mutect2是与该样本对应的癌旁比较，得到针对该样本的somatic数据。

因此，HC不能做somatic。