TCGA下载mutation

一、进行TCGA数据下载一个maf格式的mutation，接受中有mutect,muse,vanscan,somaticsniper，这四个文件有什么联系。下载的MAF文件可能有两种格式，可能是47列，或者120列，这个对后续分析有什么影响？

二、进行TCGA数据下载后这个仅仅有基因的突变型，我想要突变和野生型，怎么合并？并且将每个样本的预后及病理分期进行合并呢？想做一个回归模型，看看某些基因的特定突变和预后关系？